Иона был сослан в монастырь Давидгареджи в пустынь Гареджи, откуда бежал в Имерети, надеясь, как полагают исследователи, на поддержку имеретинского царя Соломона I (1752–1784 гг.), католикоса-патриарха Восточной Грузии Максима II (Абашидзе) и епископов Абхазского (Западногрузинского) католикосата. Не добившись поддержки, Иона по требованию Ираклия II вернулся в Тбилиси и жил в доме при церкви Квашвети. На протяжении всей жизни Иона стремился оправдать себя. В «Путешествии...» упоминается о том, как он, «подверженный обсуждению и обвинению в этом, был обречён на гонения и подвержен великим мукам и страданиям мира сего определением и волею наставника моего, царевича Антония католикоса». За 1783–1795 гг. Иона объехал почти весь православный Восток: Константинополь, Афон, Иерусалим, острова Патмос, Самос, Лесбос, Хиос, Лемнос, Кипр, Родос, Тенедос, Кефалония (Кефалиния) и др., Бейрут, Дамаск, Египет, полуостров Синай. Также в эти годы он путешествовал по Европе – был в Венеции, Вене, Польше; с разрешения Синода РПЦ подвизался в Киево-Печерской лавре. Исследователи полагают, что Иона имел некоторый дипломатический статус, данный ему либо Антонием I, либо Ираклием II. Так, во время путешествия по Востоку он встретился почти со всеми главами православных церквей, и везде ему оказывали высокий приём; исследователи связывают это не только с личными качествами Ионы – образованностью, практическим умом, общительностью, обаянием, дипломатическими способностями, но и с авторитетом Ираклия II. Иона с почётом был принят в Ахалцихе и заручился поддержкой турецкого паши, который помог ему доехать до Константинополя. В 1784 г. Иона предстал перед Константинопольским патриархом Прокопием и находившимся там в то время с братским визитом Иерусалимским  патриархом Авраамием (1775–1787 гг.), которые «благословили» Иону и «отпустили грехи», после чего он был «разрешён». О восстановлении Ионы в сане митрополита патриархи написали Ираклию II и Антонию I. Особенно торжественно Иона был принят на Афоне. После Великой лавры Иона посетил грузинский Иверский монастырь, в то время находящийся уже в юрисдикции Константинопольского патриархата, где пробыл месяц и работал с грузинскими рукописями. Ему удалось получить разрешение временно вывезти из монастыря Библию на грузинском языке 1078 г. и три других грузинские рукописи: манускрипты были переданы в Тифлис, переписаны и возвращены на Афон. Посетив Грецию, Иона с Кипра отправился в Дамаск, где получил благословение и «отпущение грехов» от Антиохийского патриарха Даниила (1767–1791 гг.), который по примеру двух предыдущих патриархов известил об этом Антония I. Сохранилось письмо грузинского католикоса-патриарха Константинопольскому патриарху, в котором Антоний I подтвердил позицию в отношении статуса Ионы и указал, что Иона «намерен обманом заполучить от блаженнейшего патриарха епархию Джавахети..., муж сей Иона отвержен от Церкви и лишён чести архиерейской, дабы ни одна душа не вознамерилась содеять зло и ввести в заблуждение Ваше Святейшество и блаженнейшего патриарха Антиохийского» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе).