16 марта 1926 г. Иоанн созвал в Уфе епископское совещание «по вопросу о поставлениях, совершённых после смерти Патриарха Тихона для Уфимской и Златоустовской епархий архиепископом Андреем (Ухтомским) совместно с епископом Нижнетагильским Львом (Черепановым)». Совещание приняло решение о признании неканоничными поставлений архиепископа Андрея, о пресечении деятельности рукоположённых им лиц и запрещении их в священнослужении. Постановление было подписано Иоанном, викариями Аскинским Серафимом (Афанасьевым) и Байкинским Вениамином (Фроловым), а также Златоустовским епископом Николаем (Ипатовым). Вернувшийся в Уфу весной 1926 г. архиепископ Андрей (Ухтомский) не признал полномочий ни Местоблюстителя митрополита Петра, ни Заместителя Местоблюстителя митрополита Сергия, что послужило углублению возникшего ранее раскола в епархии. Иоанн энергично боролся с андреевским течением, попытался осуществить план по организации обширной церковной области с центром в городе Уфе для координации действий архиереев нескольких соседних епархий. Предполагалась и организация архиерейского суда над архиепископом Андреем. В июне 1926 г. на регистрацию в Башкирский НКВД был подан «Устав Областного Епископского Совещания», первое совещание предполагалось созвать в декабре 1926 г. под председательством Иоанна с участием епископов Уфимской епархии, епископа Златоустовского, других архиереев Урала и Поволжья. Однако власти не позволили осуществить проект, опасаясь консолидации православного епископата. Иоанн поддержал митрополита Сергия в его действиях против григорианского раскола. 10 августа 1927 г. в связи с появлением в епархии сторонников епископа Григория (Яцковского) Иоанн издал «Циркуляр духовенству, православным правлениям и общинам» с предупреждением о появлении нового раскола, который «состоит в противлении порядку законного иерархического преемства». В том же году Иоанн поддержал «Декларацию» митрополита Сергия. Архиепископ Андрей (к тому времени вновь арестованный) и его сторонники выступили против «Декларации». Это привело к окончательному отделению части епархии и образованию самостоятельной андреевской Уфимской автокефальной епархии в составе течения непоминающих. В 1928 г. Иоанн был утверждён правящим архиереем Уфимской епархии с титулом «епископ Уфимский и Давлекановский». В ноябре 1930 г. – апреле 1931 г. вызывался к присутствию на зимней сессии Временного Священного Синода. 2 апреля 1931 г. был возведён в сан архиепископа. Перед смертью принял схиму. Был похоронен на Сергиевском кладбище Уфы рядом с епископом Симоном (Шлеёвым). В 2003 г. перезахоронен у алтаря уфимского кафедрального собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы.