Являлся автором программной статьи «Церковь, община и приход». В августе 1917 г. избран от духовенства Уфимской епархии членом поместного Собора Российской православной церкви 1917–1918 гг. Активно участвовал в работе первой и второй сессий Собора, выступал за восстановление патриаршества, в защиту как правовых, так и имущественных интересов церкви в Российском государстве, за осуществление освобождённой от государственного контроля церковью дел милосердия и духовного просвещения народа. Принимал участие в дискуссиях на Соборе о единоверии, по положениям о Высшем церковном управлении, о православном приходе. Поддержал учреждение особых кафедр единоверческих епископов, в том числе Саткинской в Уфимской епархии. С 1919 г., после закрытия женского епархиального училища, стал настоятелем уфимской Никольской церкви. Во время обновленческого раскола сохранил верность православию, поддержал переход Уфимской епархии на положение временной автокефалии. Самостоятельное церковное управление было провозглашено в ноябре 1922 г. Томским епископом Андреем (Ухтомским) и подтверждено епархиальным собранием, избравшим епископа Андрея временно управляющим епархией. Это была вынужденная мера в связи с арестом патриарха Тихона и отсутствием законной высшей церковной власти. Для сохранения православной иерархии в Уфимской автокефальной епархии был совершён ряд тайных архиерейских хиротоний, позднее признанных патриархом Тихоном. Одним из кандидатов на епископство совет Союза уфимских приходов выдвинул протоиерея Виктора Пояркова. После принятии монашеского пострига (вместе с женой) с именем Иоанн 12 декабря 1922 г. он был рукоположён во епископа Давлекановского. Стал викарием Давлекановского викариатства Уфимской епархии (по селу Давлеканову в Белебеевском уезде Уфимской губернии). Хиротонию по благословению арестованного к тому времени епископа Андрея (Ухтомского) совершили в Уфе ранее рукоположённые епископом Андреем викарии Уфимской автокефальной епархии епископы Стерлитамакский Марк (Боголюбов), Бирский Трофим (Якобчук) и поставленный ими накануне Староуфимский Аввакум (Боровков). 27 декабря 1922 г. в Уфе было созвано чрезвычайное епархиальное собрание духовенства и мирян. Несмотря на давление со стороны властей большинство присутствовавших на собрании поддержало автокефальных епископов и просило Иоанна ввиду ареста епископа Андрея принять на себя временное управление Уфимской епархией. Прибывший на заседание Иоанн заявил о согласии взять на себя временное руководство епархией при условии, если новый состав Епархиального совета откажется от признания обновленческого Высшего церковного управления (ВЦУ). Состоявший, в основном, из обновленцев президиум собрания объявил заседание закрытым, однако в тот же день совет Союза приходских советов постановил до возвращения в Уфу канонического правящего архиерея передать временное управление епархией четырём викарным епископам. Епископы Стерлитамакский Марк, Бирский Трофим и Староуфимский Аввакум вместе с Иоанном приняли решение, что каждый будет управлять своей частью Уфимской епархии, Иоанну было поручено председательствовать в «составившемся малом соборе епископов» и постоянно пребывать в Уфе.