Стараниями Иоанникия в ноябре 1901 г. была возобновлена как женская община во имя св. Иова Многострадального Ущельская пустынь на реке Мезени, к которой был приписан бывший старообрядческий скит, заселённый православными монахинями. В 1908 г. эта женская община была преобразована в монастырь. В том же году была учреждена Ямецкая женская монашеская община в Онежском уезде. Иоанникий заботился о нуждах Архангельской духовной семинарии, помогал студентам, следил за их успеваемостью, присутствовал при сдаче экзамена по гомилетике, считая, что будущие пастыри должны хорошо владеть искусством проповеди, важнейшим воспитательным и просветительным средством в пропаганде веры. Много сделал для развития церковноприходских школ, при Иоанникии в них увеличилось число светских преподавателей (в основном, за счёт выпускниц епархиального женского училища). При школах создавались библиотеки, вводилось обучение ремёслам. Увеличилось число миссионерских школ. В Архангельске начали работать летние миссионерские курсы. После издания в 1905 г. закона о веротерпимости среди карел усилилась лютеранская и панфинская пропаганда со стороны различных финансовых организаций. Для противодействия этой пропаганде и поддержки карельских приходов при активном участии Иоанникия 26 августа 1907 г. было учреждено действовавшее в Архангельской, Олонецкой и Финляндской епархиях православное Карельское братство св. Георгия Победоносца. В Кеми было открыто Архангельское епархиальное отделение братства с действующей при нём издательской комиссией. 17 февраля 1908 г. было учреждено самостоятельное епархиальное Архангельское Беломоро-Карельское братство св. архангела Михаила. В епархии при Иоанникии возросло число обществ трезвости, занимавшихся воспитательной и просветительной работой и благотворительностью. Иоанникий уделял большое внимание благоустройству и пополнению епархиального древлехранилища. Прославился как яркий проповедник. 31 октября 1908 г. был уволен на покой с проживанием в Даниловом во имя преподобного Даниила Столпника московском мужском монастыре. 5 декабря того же года определён штатным членом Московской синодальной конторы. Был возведён в сан архиепископа, назначен управляющим Новоиерусалимским в честь Воскресения Христова мужским монастырём. По одним данным, скончался в ночь на 15 декабря 1917 г. Однако исследователям известно письмо патриарха Тихона «управляющему Новоиерусалимским монастырём архиепископу Иоанникию» от 13 августа 1919 г., уже после закрытия обители властями, в котором патриарх даёт указания опираться в отношениях с властями на поддержку богомольцев и почитателей монастыря и рекомендует создать братство ревнителей по защите обители.