Вместе с другими Псково-Печерскими подвижниками (крайний справа в нижнем ряду) Иона предстоит образу Покрова Пресвятой Богородицы в небесном сегменте на фоне панорамы монастыря. Он облачён в красно-коричневую мантию, синюю схиму и зеленовато-голубую рясу, в руках держит свиток. У него удлинённый лик с высоким выпуклым лбом с залысинами и седая борода до середины груди. К подобному изводу тяготеет ряд различных по композиции икон, созданных в конце XX – начале XXI вв. в монастырской иконописной мастерской для храмов обители. Иона обязательно изображается среди Псково-Печерских чудотворцев на фоне монастырских построек и пейзажа, как на иконах из Михаило-Архангельского собора, из Сретенского храма (у раки с мощами Симеона Псково-Печерского; Иона слева, с благословляющей десницей и со свитком). На иконе «Собор Псковских святых» (конец XX в., Троицкий собор Псковского кремля) Иона показан вторым справа в третьем ряду, оплечно, с длинной седой бородой; в верхнем регистре композиции – Троицкий собор и псковские чудотворные иконы, в центре – образ «Успение Пресвятой Богородицы, с 18 клеймами Её жития», святыня Псково-Печерской обители. Образ Ионы представлен ещё на двух иконах этого сюжета с разным расположением святых (1982 г. и конца XX в.) из того же собора (Иона – в первом ряду второй слева и во втором ряду третий слева). Подобное изображение Ионы встречается и в группе Псковских чудотворцев на большой иконе «Все святые, в земле Российской просиявшие» (начало XXI в., Михаило-Архангельский собор Псково-Печерского монастыря), написанной по благословению наместника Псково-Печерской обители архимандрита Тихона (Секретарёва). Иона включён в состав изображённых на иконе «Собор святых земли Эстонской» (2002 г., кафедральный собор во имя князя Александра Невского в Таллинне), написанной по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Фигуры преподобных Ионы, Вассы и преподобномученика Корнилия располагаются в левом верхнем ярусе сложной многофигурной композиции на фоне Успенского собора Пюхтицкого монастыря. Иона представлен в центре вполоборота вправо, в островерхом, низко надвинутом куколе, в правой покровенной руке – икона Успения Пресвятой Богородицы. Образ святого присутствует и на иконе этого извода, выполненной в иконописной мастерской Московской духовной академии Натальи Валерьевны Масюковой (2005 г., церковь Нарвской иконы Божией Матери в городе Нарва, Эстония): Иона – крайний справа в нижнем ряду (рядом с преподобной Вассой), с непокрытой головой, в левой руке – свиток. У него тонкие черты лица, короткие волнистые волосы, седая продолговатая борода. На иллюстрации из книги монахини Таисии (Карцевой) «Русские святые» (СПб., 2000 г.) облик Ионы не соответствует принятому в современной иконописной практике.