Образ Ионы вводился в композиции «Собор Псковских святых» и «Собор Псково-Печерских чудотворцев». Так, на самой ранней известной иконе (конца XVIII – начала XIX вв., Псково-Печерский монастырь) в правой части помещён поясной образ Ионы вполоборота влево, в молении, в тёмно-коричневой мантии и синей схиме с округлым куколем, с небольшой седоватой бородой. В конце XX – начале XXI вв. разработана новая иконография Ионы в традиционной иконописной стилистике с использованием образцов конца XVIII – начала XX вв. Сложился и получил распространение извод, где Иона изображён с непокрытой головой и со свитком в руке. Исследователи полагают, что автором такой иконографической схемы стал архимандрит Зинон (Теодор), подвизавшийся в Псково-Печерском монастыре. На созданной им иконе Псково-Печерских преподобных (1996 г., придел Корнилия Псково-Печерского церкви Николая Чудотворца в обители) Иона представлен прямолично в рост, крайним слева (в ряду с преподобными Вассой, Марком, Дорофеем и Вассианом), с благословляющей десницей, в левой руке держит свиток. Святой облачён в тёмно-коричневую мантию и охристо-золотистую рясу, куколь на плечах; лик с тонкими чертами и высоким лбом обрамляют седые волосы; борода сравнительно длинная, сужающаяся книзу. Этот образ отличается от облика Ионы на сохранившихся иконах конца XVIII – начала XX вв. На круглой иконе из иконостаса церкви Псково-Печерских святых на Горке (1990 гг., мастерская обители) Иона показан прямолично по пояс, правой рукой благословляет, в левой держит свиток; аскетический лик обрамлён короткими волосами, голова не покрыта, борода длинная, слегка раздвоенная и узкая на конце. С такой внешностью Иона представлен на современной иконе трёх избранных Псково-Печерских святых (помимо Ионы изображены преподобный Марк и преподобномученик Корнилий) с образом благословляющего Иисуса Христа в облачном сегменте. Иона написан в центре, в островерхом куколе, с раскрытой у груди правой рукой и с чётками в левой. Среди Псково-Печерских подвижников Иона написан на иконе начала XXI в. из Псково-Печерского монастыря; в основе иконографии – образ конца XIX в. из пещерной галереи. Преподобные предстоят образу Успения Пресвятой Богородицы на фоне пейзажа с Успенским собором и крепостными башнями монастыря в их современном виде. Иона – первый от центра в левой части, вполоборота вправо, в коричневой мантии, голубом островерхом куколе, охристой рясе; правая рука воздета к груди, левая, с чётками на раскрытой ладони, опущена; у святого окладистая, суженная книзу борода с проседью. Образ Ионы на иконе «Собор Псково-Печерских святых» (начало XXI в., Успенский собор) восходит к типу изображения преподобного, где он представлен с непокрытой головой.