Определением архиерейского Собора Русской православной церкви 2–3 февараля 2016 г. имя Ионы включено в месяцеслов Русской православной церкви для общецерковного почитания. Иконография Ионы разрабатывалась в Псково-Печерском монастыре. Из-за местного почитания его имя отсутствует в иконописных подлинниках XVII – начала XX вв. В письменных источниках и литературе о монастырях и церквах Пскова и его уездов сведений об иконах Ионы не обнаружено. Наиболее ранние известные изображения святого относятся к концу XVIII – началу XX вв. Все они одного извода (преподобный представлен в полной схиме), различаются только отдельными деталями. Исследователи предполагают, что первой иконой Ионы был нагробный образ, поводом для написания которого могли послужить события 1642 г. – переложение св. мощей преподобного в новую раку. Однако исследователи отмечают, что в переписных книгах Псково-Печерского монастыря на протяжении XVII в. не упоминается ни одной иконы Ионы. Ростовой образ Ионы, выполненный на рубеже XIX и XX вв. (с поновлениями второй половины XX в.) в реалистической манере, размещён на стене над его ракой в пещерах Псково-Печерского монастыря. Преподобный написан фронтально (фигура непропорционально коротка), он изображён старцем с аскетическими чертами лица, большими глазами, округлой седой бородой средней величины. На нём тёмная мантия и схима, на голове куколь, правая рука прижата к груди, в левой – чётки. По иконографии и стилю образ соответствует графическому изображению, опубликованному в 1885 г. Черниговским архиепископом Филаретом (Гумилёвским), где Иона показан вместе с Марком Псково-Печерским; отличается жест рук Ионы, сложенных на груди. На иконе Псково-Печерских чудотворцев конца XIX в. академического письма в пещерной галерее Иона представлен на фоне обители в молении образу благословляющего обеими руками Спасителя. Иона – крайний слева, рядом с ним преподобные Васса и Марк, справа – преподобномученики Корнилий и Вассиан, преподобный Дорофей. Иона изображён в рост, вполоборота вправо, в схимнических одеждах тёмного цвета, в островерхом, надвинутом низко на лоб куколе, из-под которого выбились седые пряди. Святой погружён в молитву: голова склонена, глаза полуприкрыты, сомкнутые возле груди руки обвиты двумя рядами чёток. Он худощав, с впалыми щеками, с седой раздвоенной бородой средней длины. Подобный образ Ионы встречается в группе подвижников XV в. в стенописи галереи русских святых, ведущей в пещерную церковь Иова Почаевского в Почаевской Успенской лавре (живопись в академической манере конца 1860 – 1870 гг. работы иеродиаконов Паисия и Анатолия; поновлена в 1970 гг. и около 2010 г.).