Суровая подвижническая жизнь Ионы «в трудах и молитвах» стала известна после его кончины. Во всех редакциях «Повести...» рассказывается, что после смерти на теле Ионы нашли «пансырь кольчатый», такой тесный, что «тело его все яко изваяно сквозе кольца те». Панцирь был помещён над гробом преподобного, но уже в начале XVI в., после разорения монастыря немцами, он исчез. Точная дата кончины Ионы исследователям неизвестна. Согласно «Повести...», он преставился вскоре после освящения Успенской церкви и был погребён в «Богом зданной пещере», с левой стороны. Митрополит Евгений (Болховитинов) предполагал, что Иона умер около 1474 г. В трудах митрополита Филарета (Гумилёвского) и архиепископа Сергия (Спасского) преставление Ионы отмечено около 1480 г. Николай Ильич Серебрянский предполагал, что Иона скончался вскоре после 1473 г. По мнению Юрия (Георгия) Малкова, датировать преставление Ионы можно 1474/1480 гг. В 1600 г. по благословению Псковского епископа Геннадия, данному в ответ на просьбу братии и игумена Псково-Печерского монастыря Иоакима, мощи преподобных Ионы, Марка и Вассы переложили в новые раки вместе со старыми гробами, которые так обветшали, что сквозь них были видны кости. После переложения мощей раки Марка и Ионы поставили на прежнее место, а раку Вассы переставили на правую сторону. В 1642 г. состоялось ещё одно переложение мощей Ионы в новую раку. Ныне мощи Ионы покоятся, как прежде, в «Богом зданной пещере», с левой стороны от входа. В Псково-Печерском монастыре Иону поминали вместе с преподобными Марком и Вассой 29 марта. Имя Ионы включено в «Описание о российских святых» (сочинение известно исследователям в списках XVIII–XIX вв.), где его преставление указано под 1477 г. К началу XX в. Иона, так же как и преподобные Марк и Васса, не был канонизирован. Их имена отсутствуют в составленном архиепископом Сергием (Спасским) «Верном месяцеслове всех русских святых, чтимых молебнами и торжественными литургиями общецерковно и местно» (М., 1903 г.). Акафист преподобным Марку, Ионе, Корнилию и Вассе был написан будущим Патриархом Московским и всея Руси Пименом, в то время наместником Печерской обители (1949–1953 гг.). Канонизацией Ионы исследователи считают включение его имени в 1987 г. в Собор Псковских святых (тогда же Малков составил службу Собору). В 1996 г. имя И. вошло в Собор преподобных отцов Псково-Печерских (служба Собору составлена в 1990–1991 гг. Ю. Малковым при участии печерских иноков архимандритов Елеазара (Иванова) и Нафанаила (Поспелова), опубликована в «Летописи Псково-Печерского монастыря»). С 2002 г. Иона почитается в Соборе святых земли Эстонской.