По сообщению Жития Иона, потолок в Иоанно-Предтеченской церкви по желанию святителя был устроен деревянный. В 1463 г. в монастыре возведена каменная трапезная церковь Николая Чудотворца. В 1468 г. был расписан притвор Трёхсвятительского собора. Иона находился в особых отношениях с Соловецким в честь Преображения Господня монастырём, создание которого приходится на время его управления Новгородской кафедрой. Согласно Житию преподобных Зосимы и Савватия Соловецких (начало XVI в.), по просьбе собравшейся на Соловках братии Иона благословил создание обители, поставил её игуменом новгородского старца Павла и подписал антиминс для монастырского Преображенского храма. После того как, не вынеся трудностей, из монастыря уехали игумен Павел, затем игумен Феодосий, поставленный после Павла, Иона по просьбе братии пригласил в Новгород преподобного Зосиму (грамота Ионы пересказывается в Житии), где преподобный был рукоположён архиепископом во иерея и назначен игуменом Соловецкого монастыря (данное сообщение Жития преподобных Зосимы и Савватия является позднейшим преданием, в 1460–1470 гг. игуменом Соловецкой обители был Иона). «На устрои манастырю» Иона выделил «сребра и злата, сосуды и ризы, и вся ихже на путь требующих». Житие содержит сообщение и о вторичном визите преподобного Зосимы к Новгородскому владыке, связанном с притеснениями, которые Соловецкий монастырь терпел от слуг новгородских бояр, желавших изгнать монахов с острова. Иона обещал содействие, созвал бояр и поведал им о монастырской беде. От всего Великого Новгорода (в Житии – только от бояр) Соловецкому монастырю была дана грамота, гарантирующая обители безопасность и неприкосновенность имущества. Валентин Лаврентьевич Янин датирует грамоту мартом – началом августа 1468 г. При грамоте сохранилась печать Ионы, имеющая надпись: «Иона, пресв(я)щ(е)нныи архиеп(ископ)пъ Великого Новагорода и Пскова», на обратной стороне – изображение сидящего на престоле Христа Пантократора, что является новым сфрагистическим типом для документов Новгородских владык. Согласно Житию Ионы, архиепископ состоял в переписке с митрополитом Ионой. Сохранилось послание 1459 г. митрополита Ионы с известием об отправке в Великое княжество Литовское митрополичьих послов и с предписанием не признавать митрополитом Григория. Одна из грамот Ионы митрополиту Ионе была посвящена вопросу о преемнике митрополита: Новгородский архиепископ выразил готовность признать того, кто будет избран («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). В Житии Ионы сообщается, что к Новгородскому архиепископу «московьстии князи (Василий II и Иван III)... писание множицею посылаху..., и от него въсписаниа желанно приимаху, беаше бо и разумен, и в словех благ, множицею аки и пророчески вещати ему» («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Единственный дошедший до нас памятник этой переписки – послание Ивана III Ионе о том, чтобы он не имел отношений с митрополитом Григорием. Ионе принадлежит послание к митрополиту Московскому и всея Руси Феодосию, написанное в 1464 г. в ответ на две адресованные ему грамоты главы церкви (исследователям известна одна грамота митрополита Феодосия Ионе от 8 июля 1461 г., «Русская историческая библиотека», том 6).