Повествование в указанных статьях ведётся от лица Ионы («Поведа нам сам господин архиепископ Иона...»), имя юродивого в большинстве случаев не названо (за одним исключением). В рассказе приводятся дополнительные по отношению к Житию подробности: ко времени встречи с юродивым Иван уже три года как был круглым сиротой (за семь лет до этого у него умер отец); вдова, взявшая мальчика на воспитание, названа Натальей, бабкой М. Медоварцева, известного книгописца конца XV – первой трети XVI вв., переписавшего данный рассказ на полях сборника Библиотеки Академии Наук; грамоте Иван был отдан учиться в училище к дьяку, где занималось множество детей, среди которых Иван выделялся кротостью. Исследователи полагают, что первым, кто отождествил анонимного «уродивого Христа ради», фигурирующего в рассказе о предсказании Ионе архиерейства, с Михаилом Клопским, был М. Медоварцев, назвавший имя юродивого – Михаил в сборнике Библиотеки Академии Наук. По мнению А.А. Турилова, отдельная статья о предсказании Ионе архиерейства «обладает явными признаками первичности» по отношению к Житию Ионы. Исследователь предполагает, что предсказать архиерейство Ионе мог один из новгородских юродивых конца XIV – первой половины XV вв.: Никола Качанов или св. Феодор. По мнению Александра Григорьевича Боброва, данную статью следует рассматривать в одном ряду с другими произведениями о Новгородских святых, которые исследователь предложил назвать «Новгородским патериком» и автором которых он считает Пахомия Логофета. Иона принял постриг в Отенском монастыре при архимандрите Харитоне, основателе обители. Через некоторое время он был рукоположён во иерея, затем стал игуменом Белого во имя святителя Николая Чудотворца монастыря, кончанской обители Неревского конца Новгорода. После смерти 10(12) марта 1458 г. Новгородского архиепископа Евфимия II Иона 19 марта был избран владыкой в Новгороде в соборе Святой Софии «жребием, и нароком всех людий, и изволением всего собора» («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Согласно «Летописи Авраамки», первая часть которой была переписана в конце 1460 – начале 1470 гг. и отражает владычное летописание эпохи архиерейства Иона (возможно, оригинал свода Ионы), другими кандидатами на кафедру кроме «игумена святого Николы» Ионы были хутынский игумен Леонтий и монах (игумен?) Коневского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Варлаам (Полное собрание русских летописей, том 16). В летописном рассказе об избрании Ионы и о введении его на владычный двор он характеризуется как «благоумный, и смиреный, и нищелюбивый» (Полное собрание русских летописей, том 16). 11 января 1459 г. вместе с послами от Великого Новгорода Иона отправился на поставление в Москву. По пути Иона, вероятно, посетил Троице-Сергиев монастырь, дал обет построить в Великом Новгороде храм в честь Сергия Радонежского. 1 февраля Иона был хиротонисан в Москве во архиепископа Новгородского Собором епископов (в составе Ростовского Феодосия (Бывальцева), Филиппа Суздальского, Геронтия Коломенского, Евфросина Рязанского; три первых епископа позднее стали митрополитами всея Руси) во главе с митрополитом Ионой. Иона дал митрополиту грамоту с обещанием не иметь отношений с непризнанным в Москве Киевским митрополитом Григорием.