При поддержке Международного комитета в Харбине, а после его закрытия самостоятельно Иона развил обширную просветительно-благотворительную деятельность, обращаясь при необходимости за помощью к представителям различных вероисповеданий и даже к советским чиновникам. Его стараниями на станции Маньчжурия были организованы начальное и высшее начальное училища, при которых действовали ремесленные мастерские: гончарная, сапожная, ткацкая, слесарная, а также швейная и рукодельная – для девочек. В 1925 г. там обучалось 497 человек. Был организован приют для малолетних детей; к концу первого года существования приюта в нём находилось 28 детей (затем их число выросло до 70). Также были организованы благотворительные столовая (принимавшая до 200 человек), амбулатория, аптека и библиотека. Прежде малопосещаемый Иннокентиевский храм при Ионе во время служб был переполнен верующими. Иона проявил себя как неустанный и талантливый проповедник и организатор. Под его руководством Иннокентиевская церковь была отремонтирована, там был устроен придел во имя святителя Николая. Иона ввёл уставное богослужение, организовал церковный хор. Одновременно преподавал Закон Божий в гимназии на станции Маньчжурия, читал лекции на философско-богословских курсах в Харбине (открыты в 1924 г.), выпускал листки духовно-нравственного содержания, выступал с публичными лекциями, устраивал благотворительные вечера. Иона пользовался огромной любовью и авторитетом среди местных жителей, как русских беженцев, так и китайцев, а также среди представителей других вероисповеданий (мусульман, евреев и др.). Он обладал глубокими познаниями, острым и быстрым умом, весёлым, общительным характером, был чрезвычайно скромен в быту. Его внезапная кончина была вызвана тяжёлой формой ангины и последующим заражением крови. За два часа до смерти Иона напечатал на машинке духовное завещание. Обращаясь к пастве, призывал любить друг друга и не оставлять без помощи детей-сирот, которых он опекал. Затем Иона исповедовался, причастился и, надев бывшие у него епитрахиль и поручи оптинского старца Амвросия, стоя стал читать себе отходную. Перед кончиной простился с окружающими, среди которых был проезжавший через станцию Маньчжурия Харбинский архиепископ Мефодий (Герасимов). На похоронах присутствовало 8 тыс. человек из 10-тысячного населения города. Иона просил похоронить его не по архиерейскому, а по монашескому обряду и поставить на могиле простой дубовый крест. Погребён у северной стены алтаря Иннокентиевской церкви. С первых же дней его могила стала местом поклонения. Чудеса, происходившие по молитвам, обращённым к Ионе, были описаны в брошюре, вышедшей в 1926 г. в Харбине. Первым чудом стало исцеление сына советского подданного десятилетнего Николая Дергачёва, несколько месяцев лежавшего без движения из-за болезни ног. По его словам, сразу после кончины Иона явился к нему во сне и сказал: «На…, возьми мои ноги, они мне больше не нужны, а свои отдай мне». После чего мальчик встал и пошёл. В 1964 г. Иннокентиевский храм был взорван. Предпринятые в 1994 г. попытки разыскать могилу Ионы не дали результата. 13 сентября 1996 г. архиерейский Собор РПЦЗ определил считать Иону угодником Божьим в лике святых, в земле Российской просиявших. Его прославление состоялось 20 октября 1996 г. Торжества прошли в Сан-Франциско, Чикаго и Джилонге (Австралия).