За руководством в преподавательской деятельности Иона обращался к профессору Николаю Никаноровичу Глубоковскому. С 13 мая по 14 сентября 1916 г., во время летних каникул, с разрешения ректора Казанской духовной академии Чистопольского епископа Анатолия (Грисюка; впоследствии митрополит) Иона исполнял обязанности священника в действующей армии при 83-й артиллерийской бригаде. 24 (по другим данным, 30) июня 1917 г. распоряжением протопресвитера военного и морского духовенства Георгия Ивановича Шавельского с согласия и рекомендации Учебного Комитета при Святейшем Синоде был назначен проповедником при штабе второй армии (Западный фронт). В начале 1918 г. вернулся в Казань. Обращался в середине мая с ходатайством об освобождении на поруки арестованного настоятеля Раифского в честь Грузинской иконы Божьей Матери мужского монастыря игумена Варсонофия. Вскоре Иона был арестован по обвинению в критике декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», в распространении листовки «Значение самодержавия в строительстве Российского государства» и в связях с атаманом Александром Ильичом Дутовым, который возглавлял борьбу оренбургского казачества против большевиков. Иона сумел бежать из-под ареста, добрался до Перми, где был вновь схвачен и зверски избит. Отправленный этапом в Тюмень был освобождён по пути войсками белого Временного Сибирского правительства. После освобождения Иона, по имеющимся сведениям, несколько месяцев скитался, батрачил, работал в торговой кооперации, был учителем начальной школы в Тобольской губернии. В начале 1919 г. прибыл в Омск и представил доклад Высшему временному церковному управлению Сибири (ВВЦУ Сибири). В мае 1919 г. назначен благочинным в одиннадцатый Яицкий армейский корпус Южной армейской группы войск адмирала Александра Васильевича Колчака. Вскоре по постановлению ВВЦУ Сибири возведён в сан игумена. Стал одним из инициаторов создания дружин Святого Креста, получил на это в августе 1919 г. согласие адмирала А.В. Колчака и благословение ВВЦУ Сибири. По ходатайству Ионы ему была передана походная церковь Омского архиерейского дома. 5 октября 1919 г. Иона занял пост главного священника Оренбургской армии атамана А.И. Дутова, отступавшей к Акмолинску (позже – Астана, ныне – Нурсултан). По инициативе Ионы атаманом А.И. Дутовым был издан приказ о повышении роли священников в армии, утверждены штаты кадровой сотни и роты Святого Креста. Несмотря на то что штаб армии, при котором находился Иона, не задерживался на одном месте больше двух недель, он выступал с обращениями и воззваниями в местных газетах, организовывал выпуск плакатов и сбор средств в поддержку Белого движения (так, в Акмолинске им было собрано 117,3 руб.). 16 ноября 1919 г. в Акмолинске торжественно встретили главную святыню Южного Урала – Табынскую икону Божьей Матери.