В сентябре 1817 г. император Александр I, с которым Иона был лично знаком, будучи ещё придворным священником, посетил Орёл, после чего туда была переведена из Севска архиерейская кафедра. Сохранился рассказ о том, что послужило прямым поводом для перевода кафедры. Встречаясь в Орле с епископом и городским духовенством, император спросил Иону: «А, вы здесь, отец Иван? Как же вам живётся в Орле?» Преосвященный рассказал, что проживает не в Орле, а в Севске, за городом. «Отчего же вы, отец Иван, не живёте в Орле? Разве здесь нет монастырей?» – удивился Александр I, на что Иона ответил, что в Орле монастырей действительно нет, а есть только «монастырешки». 28 февраля 1818 г. Иона отправил в Святейший Синод доношение, в котором изложил свои аргументы против нахождения архиерейской кафедры и семинарии в Севске. 3 января 1820 г. на имя Ионы поступил указ, в котором Синод дозволял перевести кафедру и семинарию в Орёл, третьеклассный орловский Успенский монастырь обратить в архиерейский дом («с переведением штата сего монастыря в Мценский Петропавловский монастырь»), устроить в Орле новый каменный архиерейский корпус («по представленному плану, на который по смете исчислено 59 135 рублей, отнесть на счёт строительного по Государству капитала»), а архиерейский дом в Севске со всеми угодьями «оставить загородным домом, так как в Орле нет угодий, кои бы могли заменить положенные к архиерейским домам угодья». Уже 25 февраля 1820 г. Иона рапортовал в Синод о выезде консистории из Севска в Орёл. Однако Ионе не удалось дождаться окончательного благоустройства архиерейского дома в Орле, т.к. 21 июля 1821 г. в сане архиепископа он был переведён на Тверскую и Кашинскую кафедру. По его благословению были построены каменные храмы: Знаменский в селе Капшине Калязинского уезда, Михаило-Архангельский на погосте Архангельское Корчевского уезда, Борисоглебский (1822–1833 гг.) в селе Любодицы и Владимирский (1825 г.) в селе Толстикове Бежецкого уезда, Покровский (1824 г.) в селе Кимра Корчевского уезда, Свято-Троицкий (1825 г.) близ деревни Княжиха Бежецкого уезда, благоустроен Преображенский храм в селе Красном Старицкого уезда и др. Будучи доверенным лицом министра духовных дел и народного просвещения князя Александра Николаевича Голицына, 26 февраля 1823 г. Иона был назначен членом Святейшего Синода и с этого времени проживал в Санкт-Петербурге. Некоторое время занимал должность вице-президента Российского Библейского общества, был одним из трёх архиереев, подписавших составленное Московским митрополитом Филаретом (Дроздовым) предисловие «К христолюбивым читателям. По случаю издания всего Нового Завета на одном русском наречии» к изданию 1823 г. Иона восторженно отзывался о переводах Российского Библейского общества, замечал, что переводчики «и на русском наречии не отступили от величественной простоты сего божественного слова и не заимствовались нигде и ни в чём от прикрас кичливой словесности века».