Во второй половине XIX – начале ХХ вв. из Петрозаводска в Клименецкую обитель регулярно устраивались паломнические поездки, монастырь также посещали богомольцы, направлявшиеся на Соловки. В дни памяти Ионы в Клименецком монастыре совершался крестный ход. В 1876 г. на Крестовой луде был «построен новый крест вместо двух обветшавших, поставленных самим Ионою, над крестом на столбах устроена крыша в виде часовни». В 1920 г. постройки обители были переданы совхозу, при котором действовала летняя детская трудовая колония; затем в бывших монастырских помещениях располагался дом инвалидов, позднее церковь во имя праведных Захарии и Елисаветы использовалась как общежитие. К настоящему времени сохранилось руинированное здание этой церкви, где под спудом почивают мощи Ионы. Канонизацией святого считается включение его имени в Собор Олонецких святых, празднование которому было установлено в 1866 г. Олонецким архиепископом Аркадием (Фёдоровым). В том же году во имя Олонецких чудотворцев был освящён придел в подвальной части кафедрального Воскресенского собора в Петрозаводске. В 1905 г. в Клименецком монастыре на средства купца Ивана Михайловича Коровина построили первый посвящённый Ионе небольшой деревянный храм, его освятил 1 октября того же года архимандрит Варнава (Накропин). В 1910 г. по решению Петрозаводского епископа Никанора (Надеждина) имя Ионы вместе с именами остальных святых края стало поминаться в храмах Олонецкой епархии на отпусте, была написана икона «Собор Олонецких чудотворцев», на которой среди других угодников Божьих изображён Иона. Имя Ионы включено в Собор Карельских святых (празднование установлено в 1974 г. Финляндской православной церковью, затем было принято в Петрозаводском благочинии (Карелия) Ленинградской епархии). Иконография Ионы представлена отдельными памятниками XIX – начала XX вв. Живописный ростовой образ Ионы был помещён на крышке раки святого, изготовленной в 1870 г. На исключительно редких единоличных иконах он изображён на фоне основанной им Клименецкой Свято-Троицкой обители. Исследователи предполагают, что образы Ионы и Михаила Клопского (добавлены позднее) помещены на очелье убруса с шитым изображением Деисуса 1660–1680 гг. из церкви Рождества Христова в Ярославле (Ярославский музей). В Поморском иконописном подлиннике конца XVIII в. (Библиотека Академии Наук) в алфавитном каталоге русских святых Иона описан без указания дня памяти следующим образом: «Подобием сед, брада Иоанна Богословля, на главе клобук некруглой тёмной, мантия дичь, испод зелень, в руках чётки». Образ Ионы введён в композицию «Собор святых, в земле Карельской просиявших» (по мнению исследователей, разработана на Валааме или в санкт-петербургской иконописной мастерской Пешехоновых по заказу Валаамского Преображенского монастыря).