Одно из самых ранних упоминаний Клименецкого монастыря содержится в записи в рукописном Евангелии-тетр: «В лето 7029 (1521) месяца июня 12 купил сие Евангелие себе старец Харитон, пустынник с Онегаозера, от Троици Живоначалные, ис Климячь, в Ферапонтовы пустыни на Белеозери у Тимоф(е)я у Тимофиева сына. А писал сие Евангелие Тимофеи сам своею рукою. А хто учнет сие Евангелие у себе держати, и вы, господине, Господа ради помяните в святых своих молитвах. А дал на нём рубль» (Российская национальная библиотека). В записи назван один из первых насельников обители – старец Харитон, также сообщается о том, что в 1521 г. в монастыре уже существовал Свято-Троицкий храм (согласно другой записи в той же рукописи, храм был освящён 9 октября 1541 г., возможно, после возобновления). В описании Клименецкого монастыря 1563 г. упомянуты Свято-Троицкая и Никольская церкви. В Житии рассказывается, что Иона пожил в обители «немалое время», преставился в 70 лет и был погребён справа от Никольской церкви. Имя Ионы записано в синодиках Клименецкого монастыря XVII–XVIII вв., где он назван схимонахом. Почитание Ионы началось вскоре после его смерти. Согласно Житию, ученик Ионы игумен Дионисий около 1540 г. поставил над его могилой часовню. В 1675 г. на месте ветхой часовни была построена новая. Монастырю покровительствовала императрица Елизавета Петровна: в 1743 г. на её средства в Санкт-Петербурге была изготовлена медная чеканная рака, установленная над погребением Ионы; в 1756 г. над могилой святого на деньги, пожертвованные императрицей, вместо часовни построили каменную церковь во имя праведных Захарии и Елисаветы (освящена в 1757  г.). В документах Новгородской консистории начала XIX в. упоминается «медная чеканная рака над телом преподобного Ионы, бывшего начальника и основателя того монастыря». Она располагалась на северной стороне храма во имя праведных Захарии и Елисаветы, который в XIX в. неоднократно ремонтировался (в 1840 г. полностью отремонтирован и заново освящён, в 1857 г. расписаны внутренние стены и своды). При раке находилась икона Святой Троицы, по преданию явленная преподобному после его чудесного спасения от бури. В 1870 г. над местом погребения Ионы была установлена серебряная рака под резным вызолоченным балдахином. В 1769 г. Клименецкий монастырь был закрыт и преобразован в приход. В начале XIX в. в бывшем монастыре стояли три церкви, две из них деревянные – Свято-Троицкая и Никольская с приделом Сретения Господня и одна каменная – святых Захарии и Елисаветы. По свидетельству местного причта, все они находились «в твёрдости, утварью довольно снабжённые». В 1809 г. бывшие монастырские храмы были приписаны к Сенногубскому приходу. Возрождение Клименецкого монастыря началось в 1833 г., когда по решению архиепископа Игнатия (Семёнова) обитель была приписана к Олонецкому архиерейскому дому. По указу Святейшего Синода от 20 мая 1860 г. монастырь стал самостоятельным.