Летом 1620 г. патриарху Филарету поступил донос на Иону от двух московских священников, которые обвинили Крутицкого митрополита в том, что он запретил перекрещивать двух поляков-католиков, пожелавших принять православие, и повелел присоединить латинян через миропомазание, сославшись на «Вопрошание» Кирика Новгородца. Этот памятник был известен Ионе по списку из его библиотеки в первоначальной редакции, содержащей указание на миропомазание католиков; к началу XVII в. древнерусский текст подвергся переработке и включил положение о повторном крещении католиков. Иона отождествлял с католиками выходцев из Западнорусской митрополии, по-видимому, православных. В 1618–1619 гг. местоблюститель, рассмотрев иск дворянина Леонтия Плещеева к украинскому казаку Миките Маркушевскому, обвинённому в «неверии» (иноверии), признал вероисповедание Микиты Маркушевского искажённым и присоединил его к Русской церкви через миропомазание. В начале XVII в. в Русской церкви преобладала иная практика присоединения западных христиан, опиравшаяся на Сводную редакцию чиноприёмов, – их перекрещивание. В период межпатриаршества в столице активно совершались перекрещивания католиков и протестантов, санкционированные правительством. Оглашение перед повторным крещением совершалось на подворье Троице-Сергиева монастыря в Кремле. Сторонником перекрещивания католиков был и патриарх Филарет. Иона безуспешно отстаивал перед патриархом свою позицию, доказывая истинность католического крещения. Первосвятитель был убеждён в еретичности латинского крещения, обвинил Крутицкого митрополита в расположении к католицизму и запретил ему священнодействовать до разбора его дела на Соборе. 16 октября 1620 г. патриарх возглавил соборный суд над Крутицким митрополитом. Поступок Ионы, по мнению участников Собора, был сопоставим с беззаконным венчанием в 1606 г. Марины Мнишек и Лжедмитрия I. Участники Собора 1620 г. возложили на Иону вину в том числе за то, что Марина перед венчанием не была повторно крещена. Вследствие раскаяния митрополита Собор разрешил ему священнодействовать. 4 декабря 1620 г. Собор принял решение об обязательном перекрещивании католиков при переходе их в православие. Около 1621 г. Иона присутствовал на Соборе, оправдавшем Вологодского архиепископа Нектария, и просил прощения у патриарха за допущенное им несправедливое осуждение. Иона участвовал в составе освященного Собора в земском Соборе 1621 г. В 1624 г. «был у стола» государя в селе Тайнинском во время похода Михаила Фёдоровича в Троице-Сергиев монастырь. В том же году Иона удалился на покой в Спасо-Прилуцкий монастырь под Вологдой, 12 декабря Сарским и Подонским митрополитом стал Киприан (Старорусенников). Бывший Крутицкий митрополит был погребён на монастырском кладбище, напротив алтаря соборной церкви, его надгробие сохранялось в начала XX в. Иона упоминается в постановлениях Большого Московского собора 1666 – 1667 гг., отменившего решения Собора 1620 г. о повторном крещении католиков.