Около 1616 г. по доносу, «неповинно, не по делу, без сыску», Иона осудил Вологодского архиепископа грека Нектария, который был лишён сана и сослан в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь. 10 января 1619 г. Иона возглавил хиротонию Рязанского архиепископа Иосифа. При местоблюстителе функционировал развитый штат администрации Патриаршего приказа (двора), который включал Разряд (Судный приказ), Дворец, Казну; каждое отделение возглавлял патриарший дьяк. В период управления Ионой Русской церковью в Москве были изданы книги, преимущественно богослужебные: Часослов (1614 г.), Псалтирь (1615 г.), в 1616–1617 гг. вышло три издания Служебника, в 1618 г. – Октоих и Минея общая. Издания предпринимались по инициативе светской власти, они содержат информацию о публикации их по царскому повелению, без упоминаний о благословении местоблюстителем (местоблюститель не обладал правом благословить издание). По инициативе царя в 1615 г. началось исправление готовившихся к изданию богослужебных книг. Работу возглавил архимандрит Троице-Сергиева монастыря Дионисий (Зобниновский), в ней принимали участие также старцы Арсений Глухой, Антоний (Крылов), священник Иоанн Наседка. Как полагают исследователи, исправление не было согласовано с местоблюстителем, как это следует из челобитных Арсения Глухого. Результаты труда справщиков были представлены Ионе в мае 1618 г. 4 июля начал работу Собор для обсуждения исправления Требника, из духовных властей помимо Ионы на Соборе присутствовал лишь архимандрит Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех мужского монастыря Авраамий. Собрание несправедливо обвинило справщиков в «еретическом» искажении богослужебных книг. Главным судьёй выступил местоблюститель (Арсений Глухой в послании протопопу Ивану Лукьяновичу писал о том, что государыня великая старица Марфа отдала дело справщиков «на волю» Ионе). Пока шёл Собор, книжников подвергали истязаниям, от архимандрита Дионисия требовали денег, чтобы прекратить суд. После вынесения приговора архимандрит Дионисий был запрещён в служении и заключён в Новоспасский московский в честь Преображения Господня монастырь, для наказания его часто приводили на патриарший двор, где жил Иона. Арсений Глухой содержался в оковах на московском подворье Кириллова Белозерского монастыря. Положение справщиков улучшилось после приезда в Москву в апреле 1619 г. Иерусалимского патриарха Феофана IV. По мнению исследователей, благодаря его вмешательству Дионисий был освобождён, и в июне 1619 г. вместе с Ионой встречал в селе Хорошёве под Москвой возвращавшегося из польского плена митрополита Филарета. 24 июня 1619 г. Иона принял участие в избрании и поставлении Филарета на Патриарший престол. Через неделю для пересмотра дела архимандрита Дионисия и его помощников был созван Собор, полностью оправдавший книжников.