Позднее, став местоблюстителем Патриаршего престола, Иона оказывал помощь Троицкому Данилову монастырю: в 1615 г. царём Михаилом Фёдоровичем «по совету преосвященного митрополита Ионы» была подтверждена сгоревшая во время набега Яна Сапеги жалованная грамота на село Усолье, подтверждённая в 1623 г. патриархом Филаретом. После мученической кончины патриарха Ермогена (17 февраля 1612 г.) местоблюстителем Патриаршего престола стал Казанский и Свияжский митрополит Ефрем. Руководство второго ополчения 29 марта 1612 г. обратилось к нему с просьбой о поставлении на Крутицкую митрополию игумена Саввина Сторожевского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Исаии. Однако на Крутицкую кафедру в 1613 г. был хиротонисан Иона с возведением в сан митрополита. Поставление Ионы исследователи датируют периодом между последними числами мая и декабря 1613 г.: подписи Ионы нет среди подписей русских архиереев на грамоте от 24 мая 1613 г. об исполнении решения земского Собора и царя Михаила Фёдоровича о пополнении казны («Акты археологической экспедиции», том 3); после кончины 26 декабря 1613 г. Казанского митрополита Ефрема Иона, уже будучи митрополитом Сарским и Подонским, стал местоблюстителем Патриаршего престола и управлял Русской церковью до возвращения из польского плена митрополита Филарета в 1619 г. (будучи Сарским и Подонским митрополитом, Иона подписал составленную в мае 1613 г. утверждённую грамоту об избрании Михаила Фёдоровича на царство; однако это обстоятельство не даёт исследователям возможности судить о времени хиротонии Ионы, поскольку подписи под грамотой ставились, начиная с мая-июня 1613 г. до 1615 г. включительно). Иона участвовал в венчании на царство Михаила Фёдоровича. В декабре 1614 г. Крутицкий митрополит поставил свою печать на грамоте к митрополиту Филарету в Речь Посполиту (Собрание государственных грамот и договоров). Мать царя великая старица Марфа, так же как и её родственники Салтыковы, оказывала покровительство местоблюстителю (Российский государственный архив древних актов). Как глава освященного Собора Иона участвовал в земских Соборах 1616 и 1618 гг., оказывая поддержку Михаилу Фёдоровичу в его усилиях по пополнению казны и поддержке русской армии. В 1616 г. в Москве состоялся Собор, постановления которого русские воеводы пограничных областей рассылали жителям Северских земель. Смоленская и Черниговская епархии, занятые польской армией, перешли под власть польского короля и великого князя Литовского Сигизмунда III Вазы. Русские духовные власти рекомендовали населению Северских земель сохранять верность православию и не принимать Брестской унии 1596 г. («Акты археологической экспедиции», том 3).