Примерами значительного отклонения «Алфавита...» от реальных дат, нуждающимися в специальном объяснении, исследователи называют отнесение кончины умершего в 1654 г. Константинопольского патриарха Афанасия III Пателлария Лубенского чудотворца, к 1438 (6946) г. и сообщение о его участии в Ферраро-Флорентийском соборе 1438–1439 гг. Своду предпослано обширное «предисловие, или предуведомление» Иона Керженского – самостоятельное историко-богословское сочинение, посвящённое предыстории и истории христианства, церкви и святости на Руси. Изложение начинается с апостольских времён, в связи с чем упоминается приход на Русь апостола Андрея Первозванного. Значительное место в сочинении отведено возникновению мусульманства и пророку Мухаммаду, отступлению от истинной веры Западной церкви, «последи же и Лютором и учеником его Калвином», упоминается миссия равноапостольных Кирилла и Мефодия. В русской части повествования, доведённой до царствования Алексея Михайловича, постоянно проводятся параллели между византийскими императорами («греческими царями») и русскими князьями, Константинопольскими патриархами и Киевскими митрополитами. В соответствии с историографической традицией раннего XVII в. («Повесть како отмсти», «Иное сказание») Борис Фёдорович Годунов объявляется виновным в смерти царя Фёдора Ивановича. В заключение Иона Керженский предсказывает соединение «всех православных царств в единое Русское, и сия страна наречется Светлая Россия», и «останок христиан» во времена Второго пришествия будет «от сея России, а не от какой другой страны». В числе источников предисловия автором названы «Кормчая», «Книга о правой вере», «Синопсис», «Деяния церковные и гражданские» Цезаря Барония, «Зерцало российских государей», «Феатрон, или Позор исторический», «древлеписьменная» «Книга степенная царского родословия» (судя по наличию в ней легендарной повести о Словене и Русе поздней редакции в позднем (не ранее середины XVII в.) списке), предисловие к «Архангелогородскому летописцу» (СПб., 1782 г.). В известном сейчас виде «Алфавит...» является незаконченным, или, по мнению исследователей, нужно предположить, что существовал утраченный к настоящему времени (или же неразысканный) второй том свода (о котором, впрочем, составитель ничего не сообщает), поскольку в предисловии говорится, что Иона Керженский поставил своей целью собрать Жития русских святых от времени равноапостольной княгини Ольги до царствования Алексея Михайловича, при том что собственно агиографическая часть «Алфавита...» ограничивается по времени жизни святых второй четверти XVI в. (исключение составляет упоминание имён святых, не имеющих отдельных Житий, сведения о которых заимствованы из святцев, «Книги, нарицаемой о российских святых» и Иконописного подлинника), наиболее поздним сказанием исследователи считают повесть третьей четверти XVI в. об иконах в Ругодиве (Нарве). Агио-гимнографический свод Иона Керженского не издан и в целом продолжает оставаться недостаточно изученным. В литературе он упоминается чаще всего в связи со свидетельством о месте захоронения Андрея Рублёва и Даниила Чёрного в Андрониковом в честь Нерукотворного образа Спасителя монастыре («под старой колокольней»).