Иосиф II покровительственно относился к масонским ложам, высказывался благосклонно о тех идеях, которые декларировались масонами, общался с видными представителями франкмасонства (но это происходило до тех пор, пока они не стали заниматься политической деятельностью). Религиозная политика Иосифа II встречала противодействие со стороны папской курии и явное неодобрение большинства епископов, имевших диоцезы в пределах его владений, но оппозиция австрийского епископата не была солидарной – реформы Иосифа II поддерживали архиепископ Зальцбургский и примас Германии Иероним, епископ города Кёниггрец (ныне Градец-Кралове, Чехия) Иоганн Леопольд фон Гай, епископ города Лайбах (ныне Любляна) граф Карл фон Герберштейн и некоторые епископы Северной Италии, диоцезы которых входили во владения Габсбургов. Опыт создания национальной Австрийской церкви в многонациональной империи Габсбургов вызывал отпор не только со стороны ультрамонтански ориентированного епископата (см. Ультрамонтанство), но и со стороны дорожившей своей национальной самобытностью общественности в Венгрии и славянских землях, которая противилась усилению немецкого элемента в своих пределах. В католической части Нидерландов с её смешанным фламандским и франкоязычным валонским населением протесты против реформ Иосифа II, проводимых в том числе в рамках его религиозной политики, вылились в национально-освободительную войну, одним из лозунгов которой была неприкосновенность прав и привилегий католической церкви. В конце жизни Иосиф II отменил ряд изданных им актов, относившихся к религиозной политике. После его кончины пересмотру подверглась и большая часть остававшихся ещё в силе законов и распоряжений, за исключением отдельных частных мер и введённых им начал веротерпимости. В этом смысле политика Иосифа II оказалась безрезультатной. В католической Европе наиболее близкие параллели иозифенизму обнаруживаются в галликанизме. Иозифенизм имеет также точки соприкосновения с фебронианством. Хотя центр тяжести фебронианства – в идее епископальной соборности, в силу чего оно касается преимущественно вопросов внутреннего строя церкви, а не её отношений с государством, в сфере которых осуществлялась политика иозифенизма, исследователям известно, что Иосиф II поддерживал программу церковных преобразований, предложенную епископом Иоганном Николаусом Гонтгеймом (псевдоним Юстин Феброний). Римом одинаково отвергались галликанизм, фебронианство и иозифенизм, над которыми окончательная победа была одержана первым Ватиканским собором, после чего все эти направления, включая иозифенизм, не имели уже опоры внутри католической церкви. По мнению исследователей, очевидным было влияние идей галликанизма, фебронианства и иозифенизма на ту оппозицию ультрамонтанской тенденции первого Ватиканского собора, которая вылилась затем в старокатоличество.