Впредь на основании признаваемых государством привилегий католической церкви в смешанном браке, где католиком являлся отец, все дети крестились и воспитывались как католики, но если в смешанном браке католичкой была мать, то дети крестились в зависимости от пола: девочки – в католической церкви, а мальчики – в той церкви, к которой принадлежал их отец. Христианам-некатоликам «патент» предоставил одинаковые с католиками гражданские права, связанные с приобретением домов и иной недвижимости, с получением учёных степеней и поступлением на государственную службу. Религиозных диссидентов запрещалось принуждать к присяге, не соответствующей догматам их вероисповедания. Декретом императора от 17 ноября 1783 г. было разрешено некатолическим общинам устроение собственных конфессиональных кладбищ в тех местах, где они имели свои храмы. Там священники и пасторы могли совершать заупокойные богослужения и произносить проповеди, но если некатолика ввиду отсутствия в той или иной местности соответствующего конфессионального кладбища хоронили на католическом кладбище, что дозволялось законодательством, то там совершение богослужения и произнесение надгробных речей священниками и пасторами некатолического исповедания оставались под запретом. Законодательство Иосифа II затронуло также правовой статус евреев и иудейских религиозных общин. При нём евреям были присвоены фамилии, что обозначало их включение в число граждан империи Габсбургов (раньше юридически они рассматривались как иностранцы без подданства). 2 января 1782 г. был издан «патент о веротерпимости» по отношению к евреям, проживавшим в Нижней Австрии; 7 мая 1789 г. – для Галиции с её особенно многочисленным еврейским населением; впоследствии он стал применяться также в Венгрии, Моравии и Трансильвании. Этими «патентами» евреям предоставлялось право приобретения земельных участков, с тем, однако, ограничением, чтобы для обработки этой земли нанимались исключительно лица иудейского вероисповедания. Евреям была предоставлена возможность платить натурой «налог на веротерпимость», который раньше с них взимали деньгами. Кроме того, евреям был открыт доступ к государственной службе, их стали призывать к несению воинской службы, но определяли при этом в обозные подразделения. Рядом декретов Иосифа II иудеи были поставлены в равное положение с христианами при рассмотрении тяжебных дел в суде. Одновременно император Иосиф II проводил политику, неблагоприятную по отношению к католическому миссионерству в еврейской среде. Гуситские общины в Чехии и меннонитские в Галиции были признаны протестантскими церквами, и на них распространялись «патенты о веротерпимости». Однако веротерпимость Иосифа II не была безграничной. Сектантские общины (например, квакеры) не получили легализации, их члены подвергались преследованиям. Деисты, которые формально порывали с католической церковью или с другими пользовавшимися легальным статусом христианскими церквами и составляли своего рода сектантские общины, несмотря на симпатии к деизму самого Иосифа II, подлежали высылке из мест их проживания и включению в пограничные воинские отряды; их имущество конфисковывалось в пользу их малолетних детей, которые брались под опеку.