24 марта 1782 г. император распорядился подчинить все монастыри в пределах своих владений местным епископам (до этого многие монастыри, входившие в монашеские Ордены, подчинялись орденским генералам, резиденции которых находились в Риме); после смерти Иосифа II этот указ был отменён. Нищенствующие Ордены император ограничил в праве на сбор милостыни, отведя для этого осеннее время года. В монастыри было запрещено принимать неграмотных послушников; учащихся монахов отправляли для получения полного богословского образования в генеральные семинарии; рукополагать монаха дозволялось лишь после завершения им полного семинарского курса. Кроме многих монастырей Иосиф II распорядился упразднить все братства, за исключением учреждённого им самим «Братства деятельной любви к ближнему», перед которым были поставлены благотворительные задачи и в которое предлагалось войти членам упраздненных общин (после смерти императора братство прекратило существование). Принципиальное несогласие в Риме вызывала политика веротерпимости, хотя на привилегированное положение католической церкви в своих владениях император Иосиф II не посягал, следовательно, о равноправии религиозных общин при нём речь не шла. В правление Иосифа II положение иноверцев во владениях Габсбургов существенно улучшилось. При его предшественниках привилегии католической церкви имели оборотной стороной дискриминацию некатолических общин. 13 октября 1781 г. Иосиф II издал «патент о веротерпимости» («Toleranzpatent»), которым отменялись ранее изданные акты, регламентировавшие правовой статус религиозных меньшинств. В соответствии с этим «патентом» последователям Аугсбургского исповедания и второго Гельветического исповедания, т.е. лютеранам и реформатам-кальвинистам, а также православным неуниатам гарантировалось право частной религиозной практики (лат. privat-exercitum), включая свободу совершения богослужений в молитвенных домах. Привилегия публичного отправления религиозного культа сохранялась за католической церковью. В молитвенных домах запрещался колокольный звон, вход в них должен был устраиваться не с улицы, но со двора. Дозволялось открывать новые некатолические приходы в тех местах, где проживали не менее сотни семей, принадлежащих к соответствующему исповеданию. При молитвенных домах разрешалось организовывать школы для детей прихожан. Пасторы и священники некатолических исповеданий могли беспрепятственно посещать дома своих единоверцев, наставлять их, совершать на дому таинства и требы, однако при этом строжайше воспрещалось отказывать больному некатолику в посещении его католическим священником. «Патент» вносил изменения в порядок заключения смешанных браков, в которых одна из сторон принадлежала к католической церкви. Была отменена практика взимания подписки с некатолической стороны, как это было раньше, о согласии на крещение в католической церкви родившихся в браке детей и на их воспитание в католической вере.