Новая коллегия не находилась под безраздельным влиянием папской курии, подобно прежней. Актом от 1 ноября 1783 г. император Иосиф II учредил в ряде городов подведомственные правительству генеральные семинарии, которые заменяли епископальные семинарии и были призваны воспитывать кандидатов священства в духе гражданской верности императору и преданности интересам своего государства. Постановка обучения и идейная направленность воспитания студентов в новых семинариях вызывали глубокое недовольство Римского престола, и после смерти Иосифа II, при императоре Леопольде II, они были закрыты. Ряд распоряжений императора 1782–1786 гг. относится к совершению богослужений. Вторгаясь и в эту сферу, он, по существу дела, подражал практике протестантских государей, повторяя в то же время некоторые акты российских императоров XVIII в. 25 февраля 1783 г. Иосиф II издал акт, в котором регулировался порядок богослужений, совершаемых в Вене. В нём устанавливалось точное время совершения месс, молебнов, произнесения проповедей, регламентировалось употребление за богослужением инструментальной музыки. Этот порядок был призван служить образцом и для провинциальных церквей. Указами императора предписывались удаление из церквей лишних алтарей, устранение безвкусных украшений статуй. Иосиф II запретил целование мощей, продажу свечей и восковых фигур при входе в церковь. Также он запретил процессии без сопровождения священника, в особенности те, которые совершались с преднесением креста и хоругвей и с пением молитв. Установив жалованье священникам, Иосиф II в то же время ввёл ряд ограничений на финансовую деятельность приходов: 1) запретил пересылать деньги за границу за служение заказных месс; 2) запретил священнослужителям взимать плату за крещение и погребение бедных; 3) был запрещён также сбор пожертвований во время крестин, свадеб, похорон; 4) пожертвования в церквах допускались лишь в воскресные дни перед мессой, а не во время неё и исключительно в денежной форме, но не натурой. Властное вторжение императора в религиозную сферу, особенно некоторые его распоряжения, задевали религиозные чувства подданных, вызывали смущение, протесты и даже волнения. Так, опасный резонанс вызвало изданное в санитарных целях распоряжение императора, запрещавшее хоронить покойников в пределах городской черты и предписывавшее обсыпать трупы известью для ускорения процесса разложения. Реакцией на этот акт стали беспорядки, вспыхнувшие в Вене и в провинции. Особенно острое недовольство в папской курии, в епископате, а также среди монашествующих вызвали распоряжения Иосифа II о закрытии монастырей. 12 января 1782 г. был издан императорский рескрипт о закрытии более 400 монастырей – тех, которые не занимались ни воспитанием детей и подростков, ни уходом за больными и престарелыми, насельники которых посвящали себя созерцательной жизни, что императору представлялось фиктивным занятием. Конфискованные земли этих монастырей составили «религиозный фонд», предназначенный для оказания помощи бедным приходским церквам и малоимущим клирикам; заведование фондом было возложено на правительство.