Впредь епископы могли испрашивать у папы полномочия предоставлять диспенсацию при определённых обстоятельствах, включая те, что связаны с родством вступающих в брак между собой. Лишь разрешение на брак в ближайших степенях кровного родства оставалось в исключительном ведении папы, но в подобных случаях просители не должны были обращаться непосредственно к папе: прошение отправлялось в Рим диоцезальным епископом с санкции императорского правительства. Выдача разрешения на брак при наличии канонических препятствий к нему сопровождалась пошлиной, поэтому указ от 11 мая 1782 г. наносил чувствительный удар по доходам казны Римской кафедры. Кроме того, Иосифу II удалось договориться с Пием VI об изменении текста присяги, которую давали австрийские епископы папе при их поставлении. В новой редакции она приобрела вид, аналогичный тому, какой имела раньше присяга французских епископов (см. Галликанизм): не включала в себя указаний на приоритет папы в сравнении со светским государем, чем устранялась коллизия, когда верноподданность императору вступала в конфликт с каноническим подчинением Римскому папе. По соглашению с Папским престолом император Иосиф II пересмотрел границы диоцезов в пределах своих владений и привёл их в соответствие с внутренними политическими и административными границами, в результате чего были устранены случаи, когда в юрисдикции некоторых епископов и архиепископов были территории, находившиеся за пределами владений Габсбургов. Ревизия диоцезальных границ подчёркивала подданность австрийского епископата императору. Приверженность Иосифа II идеям просвещённой монархии побуждала его заботиться о развитии народного просвещения: грамотность населения в Австрии, как и в соседней католической Баварии, была существенно ниже, чем в протестантских государствах, а грамотность населения в Венгрии, Хорватии и Трансильвании находилась на особенно низком для Западной Европы уровне. Император стремился повысить и качество образования католического духовенства, ратовал за то, чтобы образование включало изучение новейшей философии и естествознания, чтобы оно было открыто научным достижениям протестантской библеистики, патрологии и церковной истории. 20 октября 1781 г. Иосиф II запретил распространять «Индекс запрещённых книг» в своих владениях – впредь духовенство могло читать всё, что не было запрещено государственной цензурой. Папская курия и австрийский епископат не могли принципиально возражать против инициатив императора, однако имели иное представление о направленности духовного образования, поэтому отстаивали незыблемость тридентийской неосхоластики в духовных школах, опасаясь за конфессиональную чистоту богословских воззрений кандидатов священства. Император Иосиф II поднял образовательный ценз для священнослужителей: запретил рукополагать лиц без богословского образования и ввёл конкурс на замещение вакантных церковных должностей. 3 февраля 1783 г. император основал коллегию (Collegium germanicum et Hungaricum) в подчинявшемся ему итальянском городе Павия взамен прежней Германской коллегии (Collegium germanicum) в Риме, в которой выходцы из германской аристократии, избравшие духовную карьеру, обучались и проходили подготовку для занятия высших церковных должностей, включая и епископские кафедры.