30 сентября 1797 г. Святейший Синод обратился к императору Павлу I за разрешением пригласить Иоасафа в Санкт-Петербург для хиротонии во епископа, объясняя это тем, что Иоасаф покинул колонии летом 1798 г., прибыл в Иркутск только 30 ноября 1798 г. и не смог бы отправиться обратно на Аляску до весны следующего года. Император отказал Синоду в приглашении в столицу архимандрита для хиротонии по финансовым причинам. В ответ на запрос Синода о своей деятельности Иоасаф не позднее середины 1798 г. составил «Топографическое, климатическое, статистическое и нравственное описание острова Кадьяка». Это – первое описание Америки на русском языке, сделанное на основе изучения местной природы, быта и нравов, было напечатано в октябре 1805 г. в журнале «Друг просвещения» (сохранилась рукопись текста в расширенном варианте). В работе Иоасафа даны точные географические координаты острова, «климатерическое» описание, статистическая сводка и «эстетическое» описание быта и нравов местных жителей. Иоасаф писал о полезных ископаемых, морских промыслах, условиях для занятий сельским хозяйством, об обычаях, о религии и погребальных обрядах островитян. Труд архимандрита вызвал интерес императора Александра I, который рекомендовал президенту Санкт-Петербургской Академии Наук барону Андрею Львовичу фон Николаи напечатать его. 3 апреля 1799 г. Иоасаф был наречён, а 10 апреля епископом Иркутским и Нерчинским Вениамином (Багрянским) в Богоявленском кафедральном соборе хиротонисан во епископа Кадьякского. Это был единственный в РПЦ пример единоличного совершения хиротонии. За время пребывания в Иркутске Иоасаф получил похвальные отзывы архиерея и руководства компании. Исследователи полагают, что 10 мая он выехал из Иркутска, летом прибыл в Охотск, в конце августа – начале сентября отплыл на Кадьяк на судне «Феникс» Российско-американской компании с 12 (по другим сведениям, с 11) помощниками. Среди них находились иеромонах Макарий, иеродиакон Стефан, священник Пётр Митягин, а также Димитрий Попов – двоюродный брат Иннокентия (Вениаминова). Всего на судне было 88 человек. Корабль пропал без вести. По свидетельству А.А. Баранова, последний раз судно видели 28 октября недалеко от Уналашки. Весной 1800 г. кожаные обложки книг и свечи, находившиеся на корабле, вынесло на западное побережье Кадьяка. Исследователи полагают, что кораблекрушение произошло недалеко от берегов Кадьяка и Уналашки. Причиной гибели корабля могла стать буря на море, эпидемия холеры, поразившая экипаж, или ошибка «мореходца» Джеймса Шильца. Отъезд Иоасафа привёл к прекращению богослужений в колониях, его посвящение во епископы и трагическая кончина отчасти стали поводом для нестроений в миссии и конфликтов её членов со светской властью. После гибели Иоасафа Кадьякское викариатство было упразднено (1811 г.), и открытие епархии отложено до 1840 г., когда была учреждена Камчатская, Курильская и Алеутская епархия. В 1899 г. в связи со 100-летием хиротонии Иоасафа Тихон, занимавший Американскую кафедру, предложил для увековечения его памяти назвать Иоасафовской церковноприходскую школу на Кадьяке.