Критически настроенный начальник Новоархангельской конторы Российско-Американской компании Кирилл Тимофеевич Хлебников обвинял миссионеров в высокомерии и «беспокойном нраве». В 1830 гг. он писал, что все кадьякцы были крещены в течение двух месяцев, «не получив никакого понятия о значении сего действия… Грубый народ сей оставался в понятиях и обычаях теми же дикарями, какие они были, и по сию пору совершенно чужды христианской вере». Так же, как и К.Т. Хлебников, оценивал работу миссионеров и действительный камергер, директор Российско-Американской кампании Николай Петрович Резанов. Иоасаф через первого главного правителя Русской Америки Александра Андреевича Баранова старался содействовать примирению между работниками компании. Однако его отношения с А.А. Барановым были сложными: архимандрит обвинял главного правителя в том, что он не препятствовал развратной жизни русских колонистов, «французской вольности» и проч. «Я слыхал, – писал он Г.И. Шелихову в 1795 г., –  что Баранов со своими бунтовщиками нередко проговаривает: нам бы-де как отправить на тот свет архимандрита да Ювеналия, а прочих как мух придавим». Подчинённые А.А. Баранова противодействовали миссии иеромонаха Макария, допускали злоупотребления по отношению к аборигенам. Летом 1796 г. Макарий уехал с Аляски и в 1798 г. привёз в Санкт-Петербург на имя императора Павла I жалобу, в которой описывались притеснения со стороны компании как местного населения, так и членов миссии. Но в официальной биографии А.А. Баранова отмечено, что он уважал архимандрита и помогал его работе. Внешние успехи кадьякской миссии побудили Синод в апреле 1796 г. поднять вопрос о необходимости иметь в Америке отдельного архиерея. По словам архиепископа Нила (Исаковича), Г.И. Шелихов, чтобы добиться открытия Кадьякской епархии, преувеличил едва ли не десятикратно численность местного населения (вместо 5 тыс. сообщал о 50 тыс. человек). После его кончины (20 июля 1795 г.) ходатайства перед Синодом об определении епископа в североамериканские владения компании продолжил И.И. Голиков. В апреле 1796 г. А.И. Мусин-Пушкин устно доложил императрице Екатерине II о намерении поставить архиерея. Важную роль в принятии такого решения сыграл доклад о состоянии миссии членам Синода её переводчика, тобольского купца Осипа Прянишникова. 4 июля 1796 г. Синод доложил императрице о состоянии миссионерской деятельности в Северной Америке и подтвердил своевременность направления туда епископа. Согласно императорскому указу от 19 июля 1796 г., было повелено, «способствуя обращению народов, в части Северной Америки обитающих, к познанию и принятию православной нашей веры с толикими успехами производимому... учредить для сего епископа викарного Иркутской епархии с именованием епископа Кадьякского и прочих прилежащих к тому в Америке островов, назначая на содержание его с домом и потребными служителями противу прочих викарных архиереев из казны нашей по 4030 руб. 18 коп. ежегодно. В сей сан епископский посвятить отправленного на помянутые острова для учения евангельского архимандрита Иоасафа в Иркутске» с тем, чтобы хиротония совершена была Иркутским епископом единолично из-за удалённости епархии (Российский государственный исторический архив, Российская национальная библиотека). Новому епископу вменялось в обязанность заботиться об устройстве новых церквей и о привлечении местных жителей к изучению русского языка и грамоты.