Патриарх стал участником двух чудесных событий, совершившихся по молитвам к Иакову. Во время остановки у Едрова яма некая Мария исцелилась от слепоты. Патриарх Никон её «испытывал», показывая источники на своей мантии и спрашивая об их цвете, на все вопросы она отвечала удовлетворительно. Второе чудо произошло 25 февраля 1657 г., во время переложения мощей Иакова в новую, серебряную раку. Ночью накануне того дня патриарх во сне видел яркий свет на месте Иверского монастыря и на возвышении лежащее тело Иакова: «нага», прикрытого «рубами». Патриарх приблизился, чтобы прикрыть останки, и руки святого сложились для благословения. Когда приступили к переложению мощей в новую раку, патриарх увидел, что руки святого сложены для благословения так, как ему было явлено во сне. В Иверском монастыре мощи Иакова открыто почивали в Успенском соборе за левым клиросом в серебряной раке под балдахином. Во время пожара в Успенском соборе 11 мая 1704 г. Иверская икона Божьей Матери и мощи Иакова были вынесены в церковь архангела Михаила и находились там до восстановления собора в 1710 г. В 1858 г. для мощей Иакова была изготовлена новая рака. В 1670–1671 гг. в Иверском монастыре была построена деревянная церковь во имя Иакова, которая в 1700 г. сгорела. На её месте в северо-восточном углу монастыря к 1708 г. была возведена каменная церковь с таким же посвящением и рядом – двухэтажный корпус больничных келий. К 1730 гг. посвящённые святому церкви действовали на московском и новгородском подворьях Иверского монастыря. Память Иакова праздновалась в Иверском монастыре 22 мая и 23 октября, когда совершался крестный ход. В Боровичском монастыре хранилось ребро Иакова, для которого устроили деревянную золочёную раку. На восьми клеймах раки были изображены явление, погребение, открытие и перенесение мощей Иакова. В монастыре над св. воротами была поставлена деревянная церковь во имя Иакова (упоминается в описи 1658 г.). Около 1664 г. храм был перенесён в основанный патриархом Никоном на левом берегу Мсты Новодухов монастырь. В середине 1670 гг., после прекращения строительных работ в Новодуховом монастыре, Иаковлевский храм был возвращён в Боровичскую обитель. После пожара 1732 г. и наводнения 1743 г. в Боровичском монастыре были построены новая деревянная ограда с башнями, к востоку от Свято-Духовского собора – деревянные св. ворота с церковью во имя Иакова. В 1778 г. Иаковлевский храм сгорел и вскоре был отстроен в камне. В 1865–1872 гг. к северу от Свято-Духовского собора был сооружён тёплый трапезный храм, освящённый в 1872 г. во имя Иакова, в том же году надвратный храм переосвятили в честь Иверской иконы Божьей Матери. В Боровичском монастыре память явления мощей Иакова праздновалась во вторник Светлой седмицы, 23 октября совершался крестный ход из городского собора в монастырь.