Тропарь и кондак из службы Иакову бытовали отдельно и переписывались в составе святцев (Библиотека Академии Наук, середина XVII в.) и часословов (Библиотека Академии Наук, XVII–XVIII вв.). К концу XVI – первой трети XVII вв. относятся первые сведения о частицах мощей Иакова, помещённых в напрестольные кресты, которые предназначались для крупнейших храмов Новгорода: частицы мощей Иакова были помещены в золотой крест 1599/1600 г., вложенный митрополитом Варлаамом в Софийский собор (?), и в серебряный крест 1629 г. – вклад архимандрита Феодорита в Варлаамиев Хутынский в честь Преображения Господня монастырь (Новгородский музей-заповедник). В 1656 г. частица мощей Иакова была помещена в созданный по повелению патриарха Никона Кийский крест. В 1621 г., как полагают исследователи, по инициативе патриарха Филарета, память Иакова была включена в число торжественно празднуемых в московском Успенском соборе, но до 1634 г. это празднование (по-видимому, после смерти патриарха в 1633 г.) было отменено. Память Иакова отмечена под 23 октября в Уставе, опубликованном в Москве в 1610 г., в «Палинодии» архимандрита Захарии (Копыстенского) 1621 г. («Российская историческая библиотека», том 4), в Святцах с летописью (М., 1646 г.), в «Описании о российских святых» (сочинение известно исследователям в списках XVIII–XIX вв.). В рукописи «Описания о российских святых», принадлежавшей Павлу Ивановичу Савваитову, содержатся сведения о праздновании памяти Иакова в Боровичском монастыре до переноса его мощей в валдайский Иверский монастырь: «В Бежецкой пятине, в Спаском погосте, за два девяносто поприщь от Великаго Новаграда, в Боровицком монастыри в церкви Сошествия Святаго Духа мощи чудотворца Иякова Боровицкаго лежат наверх земли, в раце древяне. Поют службу с полиелеосом». В 1885 г. Андрей Фёдорович Ковалевский написал акафист Иакову. В 1654 г. Боровичский монастырь был приписан к валдайскому Иверскому монастырю. В 1657 г. по указу патриарха Никона мощи Иакова были перенесены в Иверский монастырь. В Слове о перенесении мощей Иакова в Иверский монастырь необходимость их перемещения объясняется тем, что «обаче ово от скудости монастырю, ово за нестроение настоятелей, никимже брегомы есть честные те мощи». Патриарх отправил в Боровичи архимандрита Иверского монастыря Дионисия, архимандрита Вяжищского монастыря Евфимия и игумена Спасского монастыря в Старой Русе Феодосия. Патриаршие посланцы стали свидетелями чудесного исцеления некоего иерея, на протяжении трёх лет страдавшего от головной боли и глухоты. Иаков явился болящему в тонком сне и прикоснулся к больному уху, после чего священник исцелился. За 20 вёрст до Иверского монастыря, у Едрова яма, мощи Иакова встретили сначала Новгородский митрополит Макарий, затем патриарх Никон.