К 1611 г. настоятелем Кватахеви, согласно сочинению «Моуравиада» Тбилисского митрополита Иосифа (Саакадзе), являлся уже некий Насидзе. Иоанн, как полагают исследователи, в том же году занял пост настоятеля монастыря Самтавро в Мцхете. До 1637 г., оставаясь в Самтавро, окормлял Алавердскую (епископ, до и после 1612 г.) и Картлийскую (архиепископ) кафедры. До 1630 г. сведений об Иоанне в источниках нет. По мнению исследователей, он сопровождал царя Теймураза I, укрывавшегося в этот период в западногрузинском царстве Имерети от набегов иранских войск под предводительством шаха Аббаса I. В грамоте Теймураза I (1630 г.) Иоанн охарактеризован как «первый архиерей Картли, архиепископ, муж глубоко учёный, совершенный небожитель и философ... достойный Иоване Авалишвили». Из этого же источника известно, что Иоанн занимался воспитанием своего племянника Арсения (Авалишвили; впоследствии настоятель монастыря Сапара, архиепископ Бодбийский и Алавердский). В 1637–1640 гг. кахетинский двор Теймураза I посетило московское посольство (князь Фёдор Фёдорович Волконский (Мерин), дьяк Артемий Хватов, старец Троице-Сергиевой лавры Иосиф, иеромонах Алексий, иерей церкви Воскресения, «что у Булгаковых двора», Григорий, архидиакон Чудовского монастыря Арсений, диакон церкви великомученика Георгия «из-за Москвы-реки» Антоний), целью которого были заключение соглашений с Теймуразом I и приведение его к крестному целованию русскому царю Михаилу Фёдоровичу. Связанные с посольством документы позволяют исследователям установить, насколько высок был авторитет Иоанна. Послы пишут, что «Иван, архиепископ Самтаврского монастыря» в 1636 г. поставил архиепископом Алавердским некоего Зеведея (Зебеде). Патриарх Московский и всея Руси Иоасаф I передал для Иоанна через послов икону Божьей Матери «Одигитрия» и грамоту. В грамоте патриарх, не упоминая имени действующего в то время католикоса-патриарха Восточной Грузии Евдемона I (Диасамидзе; 1632–1642 гг.), обращается к Собору грузинских архиереев и к Иоанну как к «возлюбленному сыну и сослужебнику Преосвященному Иоанну архиепископу Святые и Пречистые великия лавры Пресвятыя и Преблагословеныя Владычицы нашея Богородицы и Приснодевы Марии и честнаго Ея Успения Самтаврского монастыря, купно ж и надзирателю святыя и соборныя и апостольския Церкви всемирного Воздвижения Честнаго и Животворящаго Креста Господня, священноначальнику Божия града Цхета (Мцхета) Иверские земли Грузинского царствия». Однако русские послы не застали Иоанна в живых. В письме 1639 г., адресованном русскому царю Алексею Фёдоровичу, царь Теймураз I отмечает: «...Господин Иоанн архиепископ, который был образованный и добрый муж, в старости умер». Долгое время в грузинской историографии Иоанна ошибочно отождествляли с католикосом-патриархом Восточной Грузии (Мцхетским) Иоанном IX (1612 – 1616/1617 гг.), что опровергается последними исследованиями.