Юноша принял постриг в Киево-Печерском монастыре и впоследствии там скончался. На вклад Захарии в память об Иоанне в обители, «удуже на полати восходят», был построен придельный храм св. Иоанна Предтечи. Место погребения Иоанна исследователям неизвестно. В поздней агиографической традиции Иоанн и Захария могли отождествляться с преподобными Иоанном постником, мощи которого почивают в Ближних пещерах Киево-Печерской лавры (в XIX в. погребение Иоанна могли ошибочно указывать в Ближних пещерах), и с Захарией постником, мощи которого почивают в Дальних пещерах лавры. Этим обстоятельством исследователи объясняют тот факт, что в «Описании о российских святых» (известно в списках XVIII–XIX вв.) названы вместе «преподобные отцы Иоанн и Захария постники» – святые, никак не связанные друг с другом, мощи которых почивают в разных пещерах лавры. В пользу отождествления этого Захарии с преподобным Захарией постником отчасти говорят результаты биохимического исследования мощей последнего, проведённого в 1980 гг.; исследование показало, что святой скончался молодым – в возрасте 20–25 лет. Канонизацией Иоанна и Захарии исследователи считают включение их имён в Собор всех святых, в земле Российской просиявших, состав которого был определён в середине 1980 гг. в ходе подготовки издания богослужебных Миней (в списке Минеи этот Захария назван отдельно от преподобного Захарии постника). В старопечатном издании Киево-Печерского патерика («Патерик, или Отечник, Печерский». Киев, 1661 г.) помещена ксилография 1656 г. с подписью мастера монаха Илии, иллюстрирующая чудо в Великой печерской церкви, увиденное преподобным Иоанном, игуменом киево-печерским, и юным Захарией. Изображение заключено в овал с барочным обрамлением, вверху надпись: «Чудо изрядно в церкви печерской. Клявшуся сергию за злато и сребро: пред иконою с(вя)тыя Б(огороди)ца». На переднем плане ангел поражает терзаемого бесами опекуна Сергия. Отрок Захария с разведёнными руками, удивлённый происходящим, изображён справа, на втором плане, впереди группы черноризцев, за ним игумен преподобный Иоанн. Действие происходит в интерьере собора перед иконами Богоматери с Младенцем и преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских. Этот сюжет с небольшими изменениями повторен на гравюре на меди, исполненной Леонтием Тарасевичем для печатного Патерика 1702 г. Единоличных изображений Иоанна и Захарии исследователи не выявили; в иконографии «Собор Киево-Печерских святых» они отождествляются, очевидно, с постниками преподобными Иоанном и Захарией.