За время настоятельства Иакова в Ипатиевском монастыре были проведены значительные строительные работы: укреплена и обновлена крепостная стена, начатая при предшественнике Иакова, возведена колокольня и проч. После восшествия 1 июня 1606 г. на престол царя Василия Ивановича Шуйского Иаков, очевидно, попал в немилость из-за близости к Годуновым. Имя Иакова как настоятеля Ипатиевского монастыря в последний раз встречается в монастырских документах под 20 июня 1606 г., 26 августа того же года грамота монастырю была выдана уже на имя «Ипатцкого монастыря келаря старца Селиверста з братьею, или кто по нем в том монастыре иный архимарит будет». В 1607 г. по указу Василия Шуйского Иаков был отправлен «на покой» на своё «обещание», т.е. в Соловецкий монастырь (грамота 1607 г. Новгородского митрополита Исидора в Соловецкий монастырь о принятии на покой «ипатского» настоятеля, соловецкого постриженика Иакова – Российская национальная библиотека). Согласно «Сказанию вкратце», на Соловках «по совершении города Иаков игумен с миром скончася и погребен бысть под чудотворною папертию в подножии учителя своего святителя Филиппа. И по сем бысть игуменом честный и духовный муж Исидор». Постройка Соловецкой крепости была завершена в 1594 г.; составитель «Сказания вкратце», живший в середине XVII в., из смены игуменов сделал вывод о кончине Иакова, по-видимому, не зная о его настоятельстве в Ипатиевском монасытре. На надгробной плите Иакова (погребён под папертью Преображенского собора, «в подножии» могилы святителя Филиппа), изготовленной, как полагают исследователи, в XIX в., указана, по их мнению, неправильная дата смерти – 1597 г., т.е. время перехода Иакова в Кострому. В литературе встречается другой год кончины Иакова – 1614-й, но источник этой информации исследователям неизвестен. К началу XIX в. в Соловецком монастыре существовало почитание Иакова. Он назван преподобным в «Верном и кратком исчислении преподобных отец Соловецких, в посте и добродетельных подвигах просиявших», входящем в рукопись Соловецкого патерика начала XIX в. Российской национальной библиотеки. «Верное и краткое исчисление...» было использовано Никодимом (Кононовым) при подготовке к изданию Соловецкого патерика. Тот же автор включил имя Иакова в опубликованный в следующем году Архангельский патерик. Канонизацией Иакова исследователи считают включение его имени в Собор Новгородских святых, празднование которому было восстановлено в 1981 г. (Собор известен с 1831 г.), и в Собор Соловецких святых, учреждённый в 1993 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.