Начало игуменства Иакова пришлось на последние годы Ливонской войны, период активного натиска шведов на севернорусские земли. Как говорится в Соловецком летописце конца XVI в., сразу после приезда Иакова «от государя с Москвы» на Соловках «начят делати... город каменой, а в Сумъской волости поставили острог». Масштабные строительные работы продолжались до 1594 г. Взамен деревянного острога, окружавшего монастырь с 1578/1579 г., были возведены мощные каменные стены и башни. В 1590 г. в крепости впервые был размещён постоянный гарнизон во главе с присланным из Москвы воеводой Иваном Яхонтовым – «100 человек московских стрельцов» и «500 человек каргопольских ратных людей», которые поздней осенью с Соловков отправились в Шую. В том же году на Соловки были присланы из Москвы несколько пленных поляков или литовцев («пан Савастьян Кобельской, а с ним 5 человек литвы»). После того как Сумской острог успешно выдержал в 1592 г. осаду шведов, правительство выделило средства на возведение острога в Кеми. Иаков обращался к царям Ивану IV Васильевичу и Фёдору Ивановичу с просьбами о предоставлении монастырю льгот и средств на содержание острогов и гарнизона. Царь Иван IV грамотой от 17 декабря 1583 г. освободил керетских, умбских, порьегубских и кандалакшских крестьян Соловецкого монастыря от поставки людей к острожному делу и в стрельцы. Царь Фёдор Иванович подтвердил жалованные грамоты своего отца монастырю и выдал новые грамоты на Сумскую, Кемскую, Пудожемскую волости, Пебозеро и Маслозеро с землями, соляными варницами, угодьями и правом таможенных и десятинных сборов (Российская национальная библиотека), освободил монастырские волости от ямских сборов (11 августа 1584 г.), даровал монастырю право беспошлинной покупки хлеба и других запасов на монастырский обиход в Великом Устюге и в Вологде и уезде (1 и 8 августа 1589 г.), право беспошлинного провоза 73 тыс. пудов соли (2 июня 1590 г.), право беспошлинных покупки в Новом Холмогорском городе (современный Архангельск) и провоза по Двине соловецкими старцами меди, олова и другх товаров (30 августа 1594) и др. 24 сентября 1594 г., после переписи Сумской волости, Иаков дал уставную грамоту об управлении монастырскими крестьянами и землями. Прямые контакты Иакова с Москвой не прерывались. Уже на следующий год после поставления, в 1582/1583 г., он «ездил к Москве с образы к государю и з святою водою».