20 июля миссионеры прибыли в Енисейск, после чего разделились: Иоасаф с пятью служителями направился в Иркутск, где находился до 26 августа; остальные – в Якутск. Обе группы встретились в Якутске 24 сентября и провели в городе восемь зимних месяцев. С 30 июня 1744 г. по 6 июля 1745 г. миссия находилась в Охотске. Здесь 11 июля 1744 г. Иоасаф заложил и 22 октября освятил церковь в честь Преображения Господня. Также совершил две миссионерские поездки к эвенкам: с 18 июля по сентябрь 1744 г. крестил 151 человека, в феврале 1745 г. – 365 человек. В представлении в Синод от 18 февраля 1745 г. Иоасаф сообщил, что эвенки «не только от него не побежали, но, как реки в океан благодати Божией, отовсюду стекались, со всяким благим усердием». Тогда же Иоасаф предложил сократить срок пребывания миссионеров на Камчатке до двух лет и учредить Якутскую миссию для крещения 40 тыс. «инородцев». 9 августа 1745 г. миссия достигла Камчатки, 13 августа прибыла в Большерецкий острог. Иоасаф считал, что организация учебного процесса имеет большое значение для миссионерства. Вскоре для детей ительменов и казаков было устроено три школы (в Большерецком, Верхне- и Нижнекамчатском острогах), а к 1749 г. – ещё 11 (в том числе на реках Ича, Тигиль и Ука, в Шемячинском острожке, на Курильских островах), где обучали азбуке, письму, рисованию, знакомили с богослужебными книгами (Часословом, Псалтирью и катехизисом). Бумагу заменяли берестой, вместо чернил использовали сок ягоды шикши. Ительмены снабжали школы сушёной и солёной рыбой. Начавшая создаваться при Иоасафе система образования на Камчатке получила высокую оценку исследователей. 9 февраля 1746 г. миссия заняла отстроенные для неё дома в Нижнекамчатском остроге. Сознавая, что имеющихся на Камчатке несколько церквей (в Большерецком и Нижнекамчатском острогах, Петропавловской гавани) недостаточно, Иоасаф в мае того же года обратился в Синод с прошением о постройке трёх новых церквей (на реках Ича, Тигиль и Ука), которое было одобрено, на строительство выделены средства. В январе-феврале 1746 г. на севере Камчатки произошёл бунт оленных коряков, юкагиров и алюторцев, к которым присоединились крещёные ительмены. Причиной бунта послужили злоупотребления казаков и сборщиков ясака, а не реакция на христианизацию, как беспочвенно указывается в ряде источников (исследователям известно, что бунтовщики не рушили крестов). Во время беспорядков были убиты иеромонах Флавиан, студент В. Кочуров, дьячок Ф. Смирнов и пономарь В. Решетков, а также сорок солдат и 12 сборщиков ясака. В мае организаторы бунта сдались властям, Иоасаф настоял на наказании не только восставших, но и сборщиков ясака.