В 1551 г. в Троицкий монастырь для Иоасафа привезли на отзыв постановления Стоглавого Собора. «Царское и соборное послание к бывшему митрополиту Иасафу и иже с ним» является главой 99 соборных материалов. Ответ Иоасафа составляет 100-ю, завершающую главу. То, что замечания Иоасафа были включены в памятник в качестве отдельной главы, не может не свидетельствовать о значительном авторитете бывшего митрополита. Иоасаф дал оценку некоторым постановлениям Собора, оговорил ряд особых случаев, выходящих за рамки соборных решений. Бывший первосвятитель выступил против частого участия в богослужениях мирян, поскольку необходимо «в миру разсужати чины царьскиа и нужи людскиа». Иоасаф считал необходимым ограничить деятельность десятильников (сборщиков церковных пошлин) городами, без посылки их в волости, десятильники должны быть подотчётны высшему духовенству. Выступил за суд архиерея над духовенством по всем делам, писал о необходимости общей трапезы в монастырях (при этом старые и больные монахи, а также «люди великие», постригшиеся и давшие большие вклады в монастырь, могут есть и в своих кельях), гостям монастыря также следует есть за общим столом (при этом Иоасаф сделал исключение для Троице-Сергиева монастыря, т.к. «туто так быти невместимо – безпрестани гость бываеть и день, и ночь»). Иоасаф считал нужным объединить мелкие пустыни или приписать их к большому монастырю («в монастыри упокоити»). Выступал против «немастерского письма» иконописцев, просил организовать их обучение у «добрых мастеров». Предлагал дать льготы «пустым церквам», освободить крестьян от подати на выкуп пленных, советуя брать её из казны архиереев и монастырей. Иоасаф требовал, чтобы царь запретил бродяжничество молодых «робят», которые «свою волю деють, а мир соблажняют», а также «извести» скоморохов. В заключение Иоасаф просил царя добавить в рассказ о Соборе 1503 г. упоминание всех архимандритов, игуменов и старцев, принимавших в нём участие (в присланном ему списке был указан только Иосиф Волоцкий), спросив о том старых бояр. Внесение своих замечаний в текст соборных решений Иоасаф оставляет на усмотрение царя – как ему «Бог положить на сердце». В 1552 г. Иоасаф встречал в Троицком монастыре возвращавшегося из победного похода на Казань Ивана IV. В 1573 г. в послании в Кириллов Белозерский монастырь Иван IV нелицеприятно отзывался о жизни бывшего митрополита в Троицком монастыре: «А Асаф что был митрополит, тот с Коровиными да меж собя браняться... Пригоже ли так в Кирилове быти, как Иасаф митрополит у Троицы с крылошаны пировал».