В результате дворцового переворота, совершившегося 2 января 1542 г., к власти вновь пришёл князь И.В. Шуйский, а князь И.Ф. Бельский, которого в борьбе боярских группировок при дворе, очевидно, поддерживал Иоасаф, был арестован. Согласно «Летописцу начала царства», представляющему официальное летописание за 1533–1552 гг., князя И.Ф. Бельского «государь у себя в приближении держал и в первосоветниках да митрополита Иасафа. И бояре о том вознегодоваша на князя Ивана и на митрополита, а митрополиту Иоасафу начаше безчестие и срамоту чинити великую» (Полное собрание русских летописей, том 13). Иоасаф оставил митрополичий двор и перешёл на Троицкое подворье, куда были посланы дети боярские «с неподобными речьми», едва не убившие главу церкви. Вскоре Иоасаф был выслан в Кириллов Белозерский монастырь. Царь Иван IV позднее писал: «Да и митрополита Иосафа с великим бесчестьем с митрополии согнаша» («Переписка Ивана Грозного с Андреем Курбским»). Митрополит Макарий отметил в духовной грамоте, что Иоасаф «остави митрополию Рускую и отойде в Кирилов монастырь, в молчальное житие». В «Повести о большом пожаре», созданной по повелению митрополита Макария, говорится, что бояре согнали со стола митрополитов Иоасафа и Даниила, «праведне учащих и обличающих их». В царском архиве хранился «список, как митрополит Асаф сшел с митропольи» (Государственный архив России XVI ст.: Опыт реконструкции). Находясь в Кирилловом Белозерском монастыре, Иоасаф давал в обитель щедрые вклады: «...Обложил по деисусу икону Пречистыя Богородицы, образ окладу 11 рублев, да денег 100 рублев, да 30 золотых больших по 40 алтын, да 10 золотых угорских по 20 алтын, два кубка серебряные, шуба соболья, опашень, 2 камки на ризы, да наряду на ризы денег 12 рублев, 20 ширинок, 10 рублев на келью, две книги Евангельския Беседы в десть, да на Пролог 3 рубля; и всего дачи его денег опричь кубков серебряных, и шубы собольи, и опашня, и камок, и ширинок, и книг на 165 рублев». Имя бывшего митрополита было включено в монастырский синодик. Исследователям известны более скромные вклады Иоасафа в Троице-Сергиев монастырь, сделанные вскоре после его низведения с кафедры: «санник сер» (12 февраля 1542 г.), «3 чарки серебряны гладкие, а третьяя с образцы, венцы золочены» (28 марта того же года), Евангелие в бархатном переплёте с драгоценными камнями. В 1542 г. Иоасаф дал вкладом «на память своей души» в московский Успенский собор список Иерусалимского устава конца XV–XVI вв. (Исторический музей). К середине 1540 гг. Иоасаф вернулся в Троице-Сергиев монастырь (бывший митрополит назван в числе свидетелей во вкладной грамоте 1545/1546 г.). В 1548 г. митрополит Макарий обратился к Иоасафу, чтобы получить объяснение реабилитации архимандрита Чудова монастыря Исаака Собаки после осуждения его на Соборе в 1531 г. (в феврале 1549 г. Исаак Собака был вторично осуждён Собором).