При избрании нового митрополита были выдвинуты три кандидата: игумен Варлаамиева Хутынского монастыря Феодосий, архимандрит Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыря  Иона (Собина) и Иоасаф. 5 февраля состоялось избрание первосвятителя по жребию в московском Успенском соборе. 6 февраля Иоасаф как наречённый глава церкви был введён на митрополичий двор, 9 февраля поставлен митрополитом. Сохранился чин поставления Иоасафа («Акты археологической экспедиции», том 1), а также его «Исповедание веры» («Акты археологической экспедиции», том 1). Возглавивший интронизацию митрополита Новгородский архиепископ Макарий дал при этом Иоасафу «повольную» грамоту. На поставлении присутствовали Тверской и Кашинский  епископ Акакий, Рязанский и Муромский епископ Иона, Коломенский и Каширский епископ Вассиан (Топорков), Сарский и Подонский епископ Досифей, Вологодский и Пермский Алексий. Иоасаф стал вторым после митрополита Симона (1495–1511 гг.) троицким игуменом, возведённым на Московский первосвятительский престол. Исследователи (Александр Александрович Зимин, Иван Иванович Смирнов) полагали, что новый митрополит был поставлен благодаря князьям Шуйским, которые распоряжались делами при малолетнем Иване IV, как сторонник нестяжательской идеологии. Враждебность Иоасафа по отношению к иосифлянам историки видели в назначении Иоасафа епископами игуменов северных («заволжских») монастырей, а также в замечаниях Иоасафа о решениях Стоглавого Собора. Дополнительным свидетельством симпатии Иоасафа к нестяжателям, по мнению исследователей, может служить то обстоятельство, что при нём улучшилось положение осуждённого Соборами 1525 и 1531 гг. Максима Грека. В марте 1539 г. Иоасаф поставил трёх архиереев: на Ростовскую архиепископскую кафедру Досифея, игумена Кириллова Белозерского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, на Суздальскую кафедру Ферапонта, настоятеля Ферапонтова Белозерского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря, на Смоленскую кафедру Гурия (Заболоцкого), игумена Мефодиева Пешношского во имя Николая Чудотворца монастыря. До 2 июля 1542 г. с Коломенской кафедры был сведён Вассиан (Топорков). Исследователи отмечают поставление митрополитом в диаконы, затем в священники и назначение настоятелем Симонова Нового московского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря книгописца Исаака Собаки, который при митрополите Данииле был осуждён вместе с Максимом Греком. Предварительно Иоасаф написал Даниилу, который жил на покое в Иосифовом Волоколамском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре, с просьбой разъяснить, «что Исакова ересь», и получил от него грамоты. По мнению А.А. Зимина, все эти мероприятия свидетельствовали о том, что Иоасаф был «откровенным противником иосифлян».