17 мая 1693 г. Иоасаф инициировал составление представителями киевской ратуши описи монастырских имений с чётким определением их границ. 15 июня того же года И.С. Мазепа своим универсалом подтвердил все владения Братского монастыря (11 января 1694 г. Иоасаф получил в Москве царскую грамоту с аналогичным подтверждением), 16 июня – права Николаевского монастыря на сёла Максимовка и Городище. Универсалом гетмана от 30 июля 1694 г. был завершён давний конфликт между Братским монастырём и Межигорским в честь Преображения Господня монастырём за владение мельницами на реке Котурке. В 1702 г. Иоасаф уже в должности архимандрита Киево-Печерской лавры был вынужден разбирать новый конфликт между этими обителями, претендовавшими на земли в районе Вышгорода. В ноябре 1690 г. Иоасаф был одним из кандидатов на пост архимандрита Киево-Печерской лавры, но избран был Мелетий (Вуяхевич). Позже Иоасаф оказался претендентом на служение в епископском сане в Переяславской епархии, проект создания которой был разработан митрополитом Варлаамом и И.С. Мазепой, который упоминал об Иоасафе как о будущем епископе в письме от 9 марта 1695 г. к патриарху Московскому и всея Руси Адриану. В 1697 г. Иоасаф был избран настоятелем Киево-Печерской лавры, 29 июня того же года в Москве патриархом Адрианом возведён в сан архимандрита. На новой должности Иоасаф много внимания уделял строительству и благоукрашению храмов. При нём в 1698 г. было завершено возведение на средства И.С. Мазепы храма во имя Всех святых. В 1700 г. на Ближних пещерах на средства полтавского полковника Павла Семёновича Герцика была построена церковь в честь Воздвижения Честного Креста (освящена 14 сентября того же года митрополитом Варлаамом). В 1701 г. завершилось начатое в 1698 г. на средства И.С. Мазепы строительство вокруг лавры крепостной стены протяжённостью 1190 м, толщиной около 3 м и высотой около 7 м с четырьмя башнями и тремя воротами. Распоряжением Петра I от 8 октября 1706 г. вокруг лавры началось сооружение ещё одного крепостного вала. По прошению Иоасафа 30 ноября 1702 г. к лавре был приписан Преображенский змиёвский, а 2 января 1703 г. – Покровский Сеннянский монастыри (оба в пределах Белгородской епархии). Значительное внимание Иоасаф уделял организации работы Киево-Печерской типографии. Специально для неё было построено новое каменное помещение и закуплено оборудование. При непосредственной поддержке Иоасафа здесь было издано около сорока книг, среди которых «Книга житий святых» Ростовского  митрополита Димитрия Савича (Туптало; 1689–1705 гг.), Киево-Печерский патерик (1702 г.), напрестольное Евангелие (1707 г.) и др. Кроме того, здесь печатались и светские издания, например, «Артикул воинский» (1705 г.).