После кончины патриарха Иоанникий пытался, ссылаясь на «волю народа», добиться от Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского) отмены распоряжений Тихона, однако митрополит Пётр оставил наложенное запрещение в силе. 15 апреля в Москве на собрании архиереев у митрополита Петра Иоанникий подал «докладную записку» о том, что он не подчиняется наложенному на него запрещению и вступает в управление Екатеринославской епархией «с разрешения гражданской власти». 23 апреля в Екатеринославе Иоанникий объявил благочинным о своём вступлении в управление епархией и потребовал от них под угрозой привлечения к ответственности «игнорировать совершенно» все указания Екатеринославского архиепископа Владимира (Соколовского-Автономова) и управлявшего епархией в его отсутствие викарного Александровского епископа Стефана (Андриашенко). 19 мая 1925 г. Патриарший Местоблюститель митрополит Пётр (Полянский) запретил Иоанникия в священнослужении «в пределах всея православныя Российския Церкви» вплоть до канонического суда над ним. Вскоре Иоанникий присоединился к автокефалистскому лубенскому расколу. 4–5 июня 1925 г. принял участие в организованном Лубенским епископом Феофилом Ивановичем Булдовским «Всеукраинском Церковном Соборе» в Лубнах, где стал одним из сопредседателей. Был утверждён «правящим архиепископом Екатеринославским и Донецким и временно управляющим Харьковской епархией». Фактически Иоанникию подчинялось от 30 до 40 приходов. В литературе Иоанникий часто отождествляется с «епископом Иоанникием» – участником совещания десяти архиереев во главе с архиепископом Григорием (Яцковским) в московском Донском монастыре 22 декабря 1925 г., положившего начало григорианскому расколу. Однако в тот момент Иоанникий уже носил титул архиепископа, что было бы отражено в учредительных документах епископов-григорьевцев, претендовавших на высшую церковную власть. Исследователи полагают, что переход Иоанникия из лубенского раскола в григорианский произошёл позднее. В конце 1925 г. 13 украинских архиереев подписали определение о лишении инициаторов лубенского раскола, в том числе Иоанникия, священного сана и об отлучении их от церкви. 5 января 1926 г. это решение было подтверждено Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). В марте 1926 г. Иоанникий вместе с Феофилом Булдовским обжаловал это решение в григорианском Временном высшем церковном совете (ВВЦС).