В 1942 г. посещал лагерь для военнопленных близ города Бад-Киссингена. Вместе со священником Александром Киселёвым, служившим с 1941 г. с Иоанном в Свято-Владимирской церкви, исповедовал и причащал советских военнопленных. В годы войны Иоанн обращался к немецким лютеранским и католическим епископам с просьбой помочь в прекращении уничтожения советских военнопленных и истребления православных сербов в Хорватии. Был связан с германским церковным сопротивлением, участвовал в проведении тайных христианских собраний на квартире берлинского пастора Унгнада. В начале 1943 г. гестапо произвело обыск на квартире Иоанна, а также на книжном складе миссионерского издательства «За Церковь!». Вещи, книги, бумаги и письма Иоанна были опечатаны или конфискованы. С него взяли подписку о невыезде из Берлина, запретили посылать религиозную литературу и вести издательскую деятельность. В 1945 г. некоторое время Иоанн жил в имении герцогов Лейхтенбергских в Баварии, позже переехал во Францию. В январе 1946 г., получив приглашение от авиаконструктора Игоря Ивановича Сикорского, прибыл в США, присоединился к неканонически объявленной самоуправляющейся Православной Американской митрополии (с 1970 г., после дарования РПЦ автокефалии, Православная Церковь в Америке). В том же году митрополитом Сан-Францисским и всея Америки и Канады Феофилом (Пашковским) назначен настоятелем Свято-Богородицкого храма в Лос-Анджелесе. 11 мая 1947 г. в Нью-Йорке архиерейским Собором Американской митрополии хиротонисан во епископа Бруклинского с назначением деканом Свято-Владимирской православной богословской академии в Нью-Йорке. Активно выступал за автокефальность Американской митрополии. Постановлением Священного Синода РПЦ от 12 декабря 1947 г. вместе с митрополитом Феофилом и другими епископами неканонической митрополии запрещён в священнослужении и определён быть преданным архиерейскому суду «за упорное противление призывам Матери-Церкви к общению: за вовлечение своей паствы в раскол». С 1948 г. (с 1953 г. – еженедельно) в течение сорока лет вёл пастырскую радиопередачу «Беседы с русским народом» на радиостанции «Голос Америки».