В первый послевоенный год Иоанн, налаживая церковную жизнь, сделал очень много для преодоления последствий раскольнических действий епископа Поликарпа (Сикорского) и «архиереев», получивших незаконное посвящение от запрещённых епископов. Вследствие депортации немецкими войсками при отступлении епископата автономной Украинской православной церкви Иоанн длительное время был единственным архиереем патриаршей ориентации на Украине. Являлся членом поместного Собора РПЦ 31 января – 2 февраля 1945 г. Вместе со Львовским и Тернопольским епископом Макарием (Оксиюком), Мукачевским и Ужгородским епископом Нестором (Сидоруком), управляющим делами Киевского Экзархата протоиереем Константином Ружицким был представителем от РПЦ на Львовском соборе греко-униатских священников и мирян 8–10 марта 1946 г., на котором было принято решение о воссоединении с православной церковью. Иоанн принял активное участие в процессе воссоединения греко-католиков (униатов) западных областей Украины и Закарпатья с Русской церковью, укреплял их в православии. 8–18 июля 1948 г. участвовал в торжествах по случаю 500-летия автокефалии РПЦ, а также в совещаниях представителей поместных православных церквей. Был избран почётным членом Московской духовной академии. Иоанн был требовательным и строгим в соблюдении церковных правил и канонов. Часто служил в различных монастырях и церквах Украины. Его архиерейские служения отличались особой молитвенностью, простые и назидательные проповеди привлекали большое число молящихся. Иоанн постоянно заботился о восстановлении разрушенных в предвоенные десятилетия храмов, которые были открыты в годы войны, но пребывали в запустении. Его усилиями был отреставрирован и передан церкви кафедральный собор во имя князя Владимира в Киеве, в котором совершались строго уставные богослужения с общим пением молящихся и чтением акафистов. С конца 1950 гг. усилилось давление на церковь со стороны властей, начавших при Никите Сергеевиче Хрущёве очередную антирелигиозную кампанию. В 1959 г. было отказано в выделении участка под строительство нового здания Киевской духовной семинарии, в последующие годы верующие лишились десятков церквей. Так, в Киеве из 25 действующих храмов осталось только восемь. Особенно тяжёлым ударом было закрытие в 1963 г. Киево-Печерской лавры. 30 марта 1964 г. Иоанн был вынужден уйти на покой по болезни; проживал в посёлке Святошине в черте Киева. Священный Синод выразил ему братскую признательность за многолетнее беспорочное, усердное служение церкви Христовой. Иоанн был скромным, искренним, доверчивым человеком, сострадательным и милостивым к нуждающимся, обладал обширными познаниями в различных областях, а также большим духовным и жизненным опытом. Награждён орденом св. Владимира первой степени (11 мая 1963 г.), правом ношения двух панагий (25 февраля 1949 г.), государственной медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». 31 марта 1968 г. отпевание Иоанна совершил во Владимирском соборе Киева Крутицкий и Коломенский митрополит Пимен (Извеков; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) в сослужении Таллиннского митрополита Алексия (Ридигера; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и архиереев Украинского экзархата. Похоронен на Байковом кладбище города Киева.