7 сентября 1991 г., после возвращения городу исторического названия, Иоанн стал титуловаться митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским. Возглавлял Богослужебную комиссию Священного Синода, участвовал в работе Комиссии по канонизации святых. За годы архиерейского служения Иоанна в Санкт-Петербургской епархии общее число действующих храмов выросло почти в три раза, возобновились богослужения в Казанском и Измайловском соборах, в церквах святых Симеона и Анны, св. Пантелеимона, Благовещения и др. Иоанн много сделал для возрождения Валаамского монастыря, были открыты Коневский Рождество-Богородицкий, Зеленецкий Свято-Троицкий, тихвинский Успенский, Введено-Оятский монастыри и Свято-Троицкая Сергиева пустынь в посёлке Стрельна. К концу 1995 г. в Санкт-Петербургской епархии существовало 226 приходов и семь монастырей, служили 284 священника и 123 дьякона. Иоанн рукоположил в епархии более 200 иереев и диаконов (всего за 25 лет архиерейского служения – 445 священников и дьяконов). Было воссоздано епархиальное духовную училище, основаны епархиальные курсы катехизации для учителей и медицинских работников, возродилась традиция крестных ходов по Невскому проспекту. Началось издание «Санкт-Петербургских епархиальных ведомостей», газет «Православный Санкт-Петербург», «Соборная весть», «Горница», «Правило веры», «Чадушки», «Собеседник православных христиан», «Архангельский глас» и др. В 1994 г. Иоанн благословил основание издательства «Православная Русь». За каждым богослужением Иоанн проповедовал, регулярно встречался с горожанами на вероучительных беседах, выступал в телепрограмме «Храм», радиопередаче «Колокола», на страницах многочисленных периодических изданий. С 1992 г. Иоанн получил широкую общественную известность как автор многочисленных церковно-исторических и историософских работ, в которых писал о причинах и путях выхода из поразившего страну духовного кризиса. Наиважнейшими моментами в этом процессе он считал восстановление духовной памяти, возрождение национально-религиозного самосознания, обращение народа к православной церкви как к «древнейшему хранилищу живой веры и нравственной чистоты». Иоанн вёл строгий аскетический образ жизни. Был прост, добросердечен и мягок в общении, всегда вникал в заботы обращавшихся к нему людей. Имел много духовных детей; его духовные наставления верующие передавали друг другу, они публиковались в газетах и журналах, были изданы отдельными книгами. Отпевание Иоанна после кончины было совершено сонмом священнослужителей во главе с митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием (Поярковым) в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры, священноархимандритом которой являлся Иоанн. Погребён в братской части Никольского кладбища лавры. В Самаре ежегодно 9 октября в память об Иоанне проводятся Иоанновские чтения с участием церковной и светской общественности (научной, педагогической, медицинской и т.д.), издаются сборники статей участников.