Активность Иоанна вызвала противодействие части приходского совета. 25 апреля 1963 г. архиерейский Синод отозвал Иоанна с Сан-Францисской кафедры в Западную Европу. Многие прихожане после этого обратились в Синод с просьбой отменить это решение. Противники подали на Иоанна иск в суд Сан-Франциско с обвинениями в финансовых и административных нарушениях. Истцов поддержали и некоторые деятели в руководстве РПЦЗ, например, протопресвитер Георгий Граббе. В свою очередь, в поддержку Иоанна выступили епископы РПЦЗ Чилийский и Перуанский Леонтий (Филиппович; впоследствии архиепископ), Эдмонтонский Савва (Сарачевич) и Сиэтлский Нектарий (Концевич). Американский суд признал свою некомпетентность в церковных вопросах, проведённая по судебному решению финансовая проверка не выявила нарушений со стороны Иоанна. 14 августа 1963 г. Иоанн был окончательно утверждён архиерейским Синодом на Сан-Францисской кафедре. Он призвал паству прекратить пагубную взаимную вражду. В ноябре 1964 г. сан-францисский собор (крупнейший русский храм на Американском континенте) был достроен. Иоанн являлся одним из заместителей предстоятеля РПЦЗ и рассматривался многими как возможный преемник митрополита Анастасия (Грибановского). В мае 1964 г., после заявления митрополитом Анастасием о желании уйти на покой, Иоанн как старейший по епископской хиротонии являлся кандидатом на пост первоиерарха РПЦЗ. На втором этапе выборов разница в голосах, отданных за Иоанна и за другого кандидата – Вашингтонского архиепископа Никона (Рклицкого), составила всего один голос. Чтобы избежать возможного раскола в церкви, Мельбурнский епископ Антоний (Медведев) обратился к архиепископу Никону и к Иоанну с предложением отозвать свои кандидатуры. Иоанн предложил Брисбенского епископа Филарета (Вознесенского; с 31 мая 1964 г. – митрополит Нью-Йоркский и первоиерарх РПЦЗ). Много сил отдал Иоанн налаживанию церковной жизни в Сан-Францисской епархии. Занимал простую келью в приюте во имя Тихона Задонского, эвакуированном из Шанхая. Лично отвечал на приходившую ему многочисленную корреспонденцию. Регулярно посещал больных в госпиталях, организовывал сбор пожертвований для нуждающихся, а также в монастыри на Афоне и Святой земле. Продолжал уделять большое внимание духовному образованию, считая это делом «всей русской общественности». Настаивал на необходимости приобретения здания для русскйо школы недалеко от кафедрального собора Сан-Франциско; считал, что отсутствие такой школы означало бы для следующего поколения «потерю своей национальности и веры отцов», без чего «опустеет через некоторое время собор, а малые церкви должны будут закрыться из-за отсутствия прихожан». Организовал богословские курсы, на которых преподавал литургику, старался ежедневно посещать церковную гимназию.