В начале декабря 1945 г. архиепископ Виктор (Святин) сообщил в письме Иоанну о переходе в юрисдикцию Московского патриархата. В ответ Иоанн отправил архиепископу Виктору заявление, что «ввиду возобновления сношений с Заграничной церковной властью мы можем перейти в ведение другой церковной власти, лишь если нам будет сделано о том распоряжение той церковной властью, которой подчиняемся ныне, так как иначе явились бы нарушителями церковных канонов». 15 января 1946 г. архиепископ Виктор прибыл в Шанхай и потребовал от Иоанна подчиниться епархиальному начальству и присоединиться к Московскому патриархату. В ответ Иоанн заявил: «Я подчиняюсь Зарубежному Синоду, и как он мне укажет, так я и должен поступить». Архиепископ Виктор предложил признать главенство патриарха Алексия собранию шанхайского духовенства. В свою очередь, председательствовавший на собрании Иоанн настоял на том, что надо ждать указаний от митрополита Анастасия. На протяжении двух месяцев ситуация в русской колонии Шанхая оставалась неопределённой. Консульство СССР вело среди эмигрантов агитацию за принятие советского гражданства и возвращение в СССР, утверждая, в частности, что Советское государство благорасположено к церкви. Иоанн активно противостоял этой агитации, посещал приходы и общественные собрания. Архиепископ Виктор запретил Иоанна в священнослужении. Иоанн не согласился с его решением, заявив: «Я подчинюсь этому указу лишь в том случае, если мне докажут Священным Писанием и законом любой страны, что клятвопреступление есть добродетель, а верность клятве есть тяжкий грех». Несогласие Иоанна перейти в юрисдикцию Московского патриархата не означало его отказа от идеи единства Русской церкви. Впоследствии он говорил: «Я каждый день на проскомидии поминаю Патриарха Алексия». Иоанн подчёркивал, что «Русская Зарубежная Церковь духовно не отделяется от страждущей Матери. Она возносит за неё молитвы, хранит её духовные богатства и в своё время соединится с Нею, когда исчезнут причины, разъединявшие их». Впоследствии в сочинении «Русская Зарубежная Церковь» (1960 г.) Иоанн писал: «Русская Зарубежная Церковь есть часть Русской Церкви, находящаяся вне границ Российского государства». Он считал, что исключительно политические обстоятельства стали причиной отделения Зарубежной церкви от Московского патриархата: под нажимом государственных органов СССР Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) требовал от заграничного духовенства лояльности к советской власти. Иоанн отвергал законность таких требований по отношению к русским эмигрантам: «Оставаясь верными своему Отечеству, мы не признаём законным правительство, идущее против тысячелетнего мировоззрения нашего народа, и мы ушли за границу, чтобы ему не подчиняться».