В 1938 г. участвовал во втором Всезарубежном Соборе и Архиерейском Соборе РПЦЗ в городе Сремски-Карловц и (Югославия). Отказался в отсутствие других православных архиереев из Китая принять предложение Архиерейского Синода о создании самостоятельной Шанхайской епархии, которую должен был возглавить. Во время отсутствия Иоанна в Шанхае его замещал Синьцзянский викарный епископ Ювеналий (Килин; впоследствии архиепископ). После возвращения Иоанна в Шанхай епископ Ювеналий стал его помощником, исполняя должность настоятеля Николаевского храма (до 1940 г.). В заключительные месяцы Второй мировой войны, когда связь с Западной Европой была полностью прервана, у русских православных архиереев в Китае возникли сомнения в продолжении существования Архиерейского Синода РПЦЗ. 26 июня 1945 г. пребывавшие в Северо-Западном Китае Харбинский и Маньчжурский митрополит Мелетий (Заборовский), архиепископы Камчатский Нестор (Анисимов; впоследствии митрополит) и Хайларский Димитрий (Вознесенский) и Цицикарский епископ Ювеналий (Килин) обратились с посланием к новоизбранному Патриарху Московскому и всея Руси Алексию I с просьбой принять их под своё окормление. Архиереи также отправили письма главе Русской духовной миссии в Китае Китайскому и Пекинскому архиепископу Виктору (Святину) и Иоанну (Максимовичу) с призывом последовать их примеру и признать патриарха Алексия как законного главу Русской церкви. В письме архиепископу Виктору Иоанн предложил ввести поминовение за богослужением имени патриарха Алексия при продолжении возношения и имени предстоятеля РПЦЗ митрополита Анастасия (Грибановского). В августе того же года архиепископ Виктор отправил патриарху Алексию I телеграммой прошение за своей подписью и подписью Иоанна (без его согласия) о принятии Русской духовной миссии в Китае в юрисдикцию Московского патриархата (удовлетворено 27 декабря 1945 г.). Поскольку сообщение Шанхая с Пекином прервалось и ответ на письмо архиепископа Виктора не был получен, 6 сентября Иоанн самостоятельно принял решение о начале поминовения в русских храмах Шанхая имени патриарха Алексия «независимо от разрешения вопроса о подчинении высшей церковной власти». Однако 2 октября Иоанн получил краткую радиограмму из Женевы от митрополита Анастасия о продолжении деятельности Архиерейского Синода РПЦЗ. Поминовение патриарха Алексия в Шанхае с этого момента было прекращено. Таким образом, Иоанн остался единственным из русских православных архиереев в Китае, не перешедшим в подчинение Московского патриархата. В ноябре Иоанн получил телеграмму от Западноамериканского архиепископа Тихона (Троицкого), который сообщал, что вместе с архиепископом Восточноамериканским Виталием (Максименко), епископами Монреальским Иоасафом (Скородумовым; впоследствии архиепископ) и Детройтским Иеронимом (Черновым; впоследствии архиепископ) продолжает оставаться в подчинении митрополита Анастасия и не признаёт юрисдикции Московского патриархата.