Мощи Иоанна были поставлены для поклонения в Софийском кафедральном соборе. 11 июня Тобольскому учительскому институту было присвоено имя Иоанна (Максимовича), на следующий день во имя новопрославленного святого в деревне Малочусовой Курганского уезда был освящён престол. В августе 1919 г., перед вступлением в Тобольск частей Красной армии, управляющий Тобольской епархией Берёзовский епископ Иринарх (Синеоков-Андриевский) перенёс гроб с мощами Иоанна в подвальное помещение тобольского Покровского собора. 15 сентября 1920 г. мощи были извлечены из подвала и помещены в Покровском соборе. 10 октября 1922 г. по распоряжению Тюменского губисполкома на паперти собора в присутствии множества людей комиссией из представителей исполкома и духовенства было произведено вскрытие мощей Иоанна. Останки выставили на всеобщее обозрение, был устроен антирелигиозный митинг. Некоторое время после вскрытия мощи по-прежнему пребывали в Покровском соборе, затем поступили в антирелигиозный отдел местного краеведческого музея в здании бывшего архиерейского дома. В июне 1946 г. мощи Иоанна осмотрел посетивший Тобольск Новосибирский и Барнаульский архиепископ Варфоломей (Городцов). В июле он обратился к Патриарху Московскому и всея Руси Алексию I с просьбой о содействии в передаче мощей Иоанна церкви. Заручившись поддержкой патриарха, архиепископ Варфоломей отправил 2 марта 1947 г. соответствующее ходатайство в Совет по делам РПЦ при Совете Министров СССР. 14 июня 1947 г. мощи Иоанна были переданы в Покровский кафедральный собор. По этому случаю Новосибирское епархиальное управление переиздало службу святителю. В 1984 г. в связи с подготовкой к празднованию 1000-летия Крещения Руси по благословению Патриарха Московского и всея Руси Пимена было установлено празднование Собору Сибирских святых. Первое празднование Собору совершили в Тобольске 23(10) июня 1984 г., в день памяти Иоанна. Посвящённые Иоанну храмы, открытые преимущественно в 1990 гг. – начале XXI в., действуют в Омске, в городе Черепанове Новосибирской области, в посёлке Дорогино Черепановского района, в Екатеринбурге, в Новокузнецке, в городе Берёзовском Кемеровской области. Основные сочинения были созданы Иоанном в период пребывания на Черниговской кафедре. Почти все его опубликованные труды напечатаны в Чернигове, в типографии Болдинского Ильинского монастыря (кроме сочинения «Псалом пятидесятый, от Писания взятый», напечатанного в Киеве). Поэтические произведения Иоанна имеют нравственно-дидактический характер. Первой его публикацией стало небольшое стихотворное сочинение «От креста Церковь зачинает дело», помещённое в качестве предисловия к книге «Полуустав, имеющий в себе дневную и нощную службу, по преданию Святой Церкви» (Чернигов, 1703 г.). Оно посвящено прославлению Креста Господня.