В Киеве бытовали иконы седобородого Иоанна в мантии и клобуке, с крестом в деснице и высоким жезлом в левой руке, которые писались, в частности, в мастерской Киево-Печерской лавры (1910 гг., Киево-Печерский музей-заповедник, Китаевская пустынь в Киеве). Более редким в иконографии Иоанна является небольшой образ около 1916 г. (Исторический музей), на котором святитель показан в рост, вполоборота влево, на фоне реки Иртыш и кафедрального Софийского собора Тобольска (крестом, как полагают исследователи, обозначено место погребения святого). Иоанн в мантии и клобуке, немного склонив голову, предстоит Спасителю, изображённому в облаках над собором. Существует редкая икона Иоанна в богослужебном облачении (в левой руке крест) на фоне церковных построек (Киево-Печерский музей-заповедник). Образ Иоанна входит в композицию «Все святые, в земле Русской просиявшие», представленную на иконах письма монахини Иулиании (Соколовой) 1934 г., 1950 гг. (ризница Троице-Сергиевой лавры) и современных иконописцев. Иоанн обязательно изображается на иконах «Собор Сибирских святых» конца XX – начала XXI вв.; первый образ написан в 1984 г. в связи с установлением праздника (в день памяти Иоанна) иконописцами мастерской Московской патриархии, Иоанн помещён в центре первого ряда. Единоличные иконы Иоанна в древнерусском каноне стали активно писать в конце 1990 гг. в иконописной школе при Тобольской духовной семинарии, образцом послужила житийная икона Алексия, митрополита Московского, письма Дионисия (Третьяковская галерея). Одна из первых иконостасных икон (около 2000 г.) была исполнена С. Южаковой в качестве выпускной работы при окончании иконописной школы при Московских духовных академии и семинарии для местного ряда кафедрального Софийского собора в Тобольске (вариант Е. Николахиной – 2003 гг.). В среднике фигура Иоанна в крещатом саккосе, белом клобуке и омофоре, с благословляющей десницей, с Евангелием в левой руке. В 20 клеймах изображены основные события Жития Иоанна и его прославление. Композиционное решение средника иконы Дионисия сохраняется и в других ростовых изображениях Иоанна (2009 г., иконописец Д. Молчанова). Традиционная иконографическая схема с полуфигурой святителя с Евангелием в руке (2009 г., иконописец Е. Кудрина) наиболее востребована в Тюменском регионе, такие иконы в древнерусской стилистике заказывают для сибирских храмов и преподносят в дар гостям в дни памяти Иоанна. Тобольские иконописцы возобновили извод, на котором святитель (в современном варианте нередко в молении) предстоит Спасителю, изображённому в облаках над собором. Выполнены современные шитые покровы на мощи Иоанна.