На деньги И.С. Мазепы Черниговская типография напечатала несколько изданий Евангелия, которые гетман передал Мгарскому в честь Преображения Господня монастырю, Верхратскому монастырю возле города Рава-Русская (современная Львовская область, Украина), православным церквам в Сирии, другим православным храмам. И.С. Мазепа уделял большое внимание развитию церковных школ. Как видно из его универсала от 8 февраля 1704 г., на территории Новгород-Северской сотни существовало несколько таких училищ. После измены И.С. Мазепы Иоанн присутствовал на выборах нового гетмана, которые прошли 6 ноября 1708 г. на Раде в Глухове, когда по желанию царя Петра I Алексеевича был избран Иван Ильич Скоропадский. 12 ноября того же года Иоанн участвовал в отлучении И.С. Мазепы от церкви, совершённом в присутствии царя Киевским митрополитом Иоасафом (Кроковским). И.С. Мазепа оклеветал Иоанна перед Петром I, представив Черниговского архиепископа своим сторонником. К русским властям был послан казак с подложными «тайными» письмами И.С. Мазепы на имя Иоанна и ещё некоторых верных царю людей (глуховского атамана Карпеки, сотника Туранского и князя Святополк-Четвертинского). По приказу царя провели расследование, и Иоанн был полностью оправдан. Исследователям известно, что Иоанн приветствовал реформы Петра I, посвящал ему свои сочинения, в честь победы в Полтавской битве написал «Синаксарь» (Чернигов, 1710 г.), который должен был читаться в церквах после благодарственной службы в ознаменование победы. Иоанн неоднократно посылал свои сочинения Петру I, за что был удостоен царской благодарности и наград. При Иоанне началось почитание Феодосия (Углицкого). С именем Феодосия Иоанн связывал своё чудесное исцеление от болезни в начале служения на Черниговской кафедре. Когда Иоанн был тяжело болен, ему явился Феодосий и сказал: «Служи завтра и будешь здоров». На другой день Иоанн служил литургию. В благодарность за выздоровление он повелел открыть вход в склеп Феодосия в Борисоглебском соборе Болдинского монастыря и поместил там живописное изображение архипастыря с составленной им стихотворной «Похвалой». Впоследствии Иоанн написал тропарь и кондак святителю. В январе 1711 г. Иоанн получил грамоту царя Петра I, которой ему предписывалось, взяв ризницу, отправиться в Москву. После прибытия в московский монастырь Донской иконы Божьей Матери Иоанн получил от местоблюстителя патриаршего престола Рязанского митрополита Стефана (Яворского) царский указ о назначении его митрополитом Тобольским и всея Сибири. 28 февраля 1711 г. в Донском монастыре Иоанн был возведён в сан митрополита. Назначение на Тобольскую кафедру было почётным, но ввиду отдалённости епархии от центра и суровости климата современники воспринимали его как ссылку.