30 августа 1814 г. Иоанн был переведён в восстановленную Бодбийско-Сигнахскую (Бодбийско-Кизикскую) епархию. Исследователям известны несколько рапортов Иоанна этого времени в Грузино-Имеретинскую синодальную контору (от 25 мая и от 27 июня 1815 г., от 16 января 1817 г.), где митрополит описывает церковные доходы своей епархии. 17 июня 1818 г. Святейший Синод направил российскому императору Александру I доклад о преобразованиях, осуществляемых в Грузинском экзархате. Число епархий Восточной Грузии было сокращено до трёх; по ходатайству грузинского экзарха архиепископа Феофилакта (Русанова) Бодбийско-Сигнахская епархия была сохранена за Иоанном: «Из уважения к летам и службе его оставить при управлении оною по смерть его» (Акты Кавказской археографической комиссии). В 1812 г. Иоанн был награждён орденом св. Анны третьей степени. Он вёл активную строительную деятельность. В 1823 г. на его средства были отремонтированы и расписаны усыпальница просветительницы Грузии св. Нины и церковь великомученика Георгия в монастыре Бодбе, о чём указано в ктиторской надписи, сделанной на паперти церкви. Несмотря на церковную реформу, согласно которой все церковные земли на территории Грузинского экзархата были секуляризированы, Иоанну удалось сохранить угодья Бодбе. В восстановительных работах в монстыре и в строительстве дворца для епархиального архиерея существенную помощь Иоанну оказал экзарх Грузии Евгений (Баженов; 1834–1844 гг.; Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). Иоанн собрал в Бодбе множество рукописных и печатных грузинских книг, популяризировал грузинскую духовную и светскую литературу. Особое внимание уделял образованию молодёжи. Так, по его протекции грузинский государственный деятель Соломон Иванович Додашвили в 1831 г. обеспечил талантливому крестьянину Г.А. Талиашвили получение образования в Санкт-Петербурге. Иоанн похоронен у правого столпа в церкви великомученика Георгия монастыря Бодбе; надгробие венчает мраморная плита с русско-грузинской надписью.