В феврале 1801 г. главноуправляющий Кавказом генерал-майор Карл Фёдорович Кнорринг направил католикосу-патриарху Восточной Грузии Антонию II письмо с просьбой предоставить сведения о грузинском духовенстве. Иоанн упомянут в отзыве католикоса-патриарха; в документе указано, что митрополит живёт в монастыре Бодбе, «в его епархии 31 селение да князей 28». Также Иоанн был внесён в составленный 22 марта 1801 г. «Список знатнейших в Грузии чиновников, усердствовавших более всего Его Императорскому Величеству (Российскому)». Иоанн выступил против упразднения в 1801 г. Картли-Кахети и вхождения территорий царства в состав Российской империи на правах губернии, настаивая на соблюдении договорённости о сохранении правления царского дома Багратиони, регламентированной заключённым между российской императрицей Екатериной II и царём Ираклием II в 1783 г. Георгиевским трактатом. Иоанн принял участие в восстании кахетинских дворян в 1802 г., выдвигавших на царский престол Картли-Кахети сына царя Ираклия II Юлона (Иулона). 25 июля Иоанн и князья Шида-Кахетии присягнули на верность царевичу Юлону, с тем чтобы он присягал российскому императору. Иоанн первый подписал «Письмо Кизикских князей и народа князьям и народу Внутренней Кахетии», где сообщалось о факте принятия присяги, а также содержались призыв «не отстать от нашего братства» и обращение к епископу Некресскому Амвросию (Микадзе) «ободрить народ» и «обязать его клятвою... Юлону». Популярность Иоанна обеспечила приток в ряды восставших значительной части населения Восточной Грузии. По его инициативе от лица грузинского народа на имя российского императора Александра I 21 июля была составлена петиция о выполнении пунктов Георгиевского трактата, которую Иоанн отвёз в Тифлис К.Ф. Кноррингу (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе). Его арестовали, 31 июля Иоанн дал показания. В ходе расследования он сослался на то, что «был введён в недоразумение», и обещал в случае освобождения добиться принесения кахетинцами клятвы верности российскому императору. Его слова подтвердили арестованные князья и друггие лица (Акты Кавказской археографической комиссии).