Иоанн служил в Успенской церкви – единственном действующем храме в Ижевске, возвращённом в годы войны из обновленчества православной церкви. Его стараниями в епархии к 1945 г. действовали 19 храмов. 14 февраля 1945 г. назначен архиепископом Уфимским. 22 февраля награждён правом ношения креста на клобуке. В это время Иоанну было поручено разработать типовой устав мужских и женских монастырей и представить его в Священный Синод. 16 апреля проект устава был представлен, рассмотрен и принят к руководству. В 1945 г. Иоанн привлёк к церковному служению Николая Чигвинцева (впоследствии архимандрит Моисей). 19 августа постриг его в монашество с именем Моисей и в тот же день рукоположил во диакона, а в сентябре – во иерея. При нём иеромонах Моисей служил в кафедральном Сергиевском соборе Уфы в должности псаломщика с исполнением священнических обязанностей, а затем священника. 18 сентября 1946 г. Иоанн был награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». Строгость в исполнении церковного устава, малообщительность и резкость Иоанна стали причиной конфликта с верующими епархии. 18 ноября 1948 г. он ушёл на покой с назначением местопребывания в Жировицком в честь Успения Пресвятой Богородицы ставропигиальном мужском монастыре. 27(28?) января 1953 г. назначен временно управляющим Ульяновской и Мелекесской епархией, 4 июня утверждён в должности правящего архиерея. В Ульяновской епархии столкнулся с нестроением в церковной жизни и с сопротивлением принимаемым им решениям. Настоятели некоторых храмов утаивали часть приходских доходов и не предоставляли архиерею точную отчётность. Иоанн часто посещал храмы епархии, налаживая жизнь в приходах. 21 мая 1959 г. Иоанн был уволен на покой. 11 июня того же года в Ульяновске была закрыта церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери, при которой располагалось епархиальное управление. Это означало фактическую ликвидацию Ульяновской епархии, переданной под управление Куйбышевского архиерея. В 1960 г. уполномоченный Совета по делам РПЦ по Ульяновской области в отчёте сообщал: «...Удалось многих сократить (священников, благочинных и даже епископа Братолюбова)». Проживал на покое в Ульяновске. 29 февраля 1968 г. отпевание Иоана совершил управляющий Куйбышевской и Ульяновской епархией Сызранский епископ Иоанн (Снычёв; впоследствии митрополит) в Свято-Неопалимовской церкви Ульяновска. Погребён на кладбище Ульяновска, близ Воскресенской церкви; могила сохранилась.